Одновременно разразилась 3-я Сирийская война, вынудившая Птолемея в 246 году до н. э. покинуть молодую жену посреди медового месяца. Стихотворение Каллимаха, сохранившееся в латинском переводе Катула, передает то душевное испытание, каким стало для Береники II это расставание. Но молодой царь не мог пренебречь обязательствами, к которым его призывали узы крови и удобный политический момент. Мы помним, что после 2-й Сирийской войны Антиох II, селевкидский правитель, женился на дочери Птолемея II Филадельфа, которую тоже звали Береника. Чтобы заключить этот брак по закону, он отрекся от своей прежней жены Лаодики, которая вернулась назад в Эфес с двумя сыновьями, рожденными от Антиоха. Когда он умер в 246 году до н. э., почти через месяц после Филадельфа, старший сын Лаодики Селевк, согласно отцовской воле, должен был воспринять царскую власть, а не малолетний ребенок, несколькими годами ранее рожденный Береникой, которая официально была признана царицей. Береника, поддержанная некоторыми селевкидскими владениями, потребовала царскую диадему для своего юного сына и для отстаивания своих притязаний призвала себе в помощь своего брата Птолемея III. Этот последний поспешил в Антиохию, но было слишком поздно: царица вместе со своим венценосным ребенком была убита агентами Лаодики (отсюда название — Лаодикейская война, которое получил у современников этот новый династический конфликт). Оставалось отомстить за это двойное убийство, сыграв на симпатиях, которые испытывали в селевкидской империи к погибшей царице. Птолемей успешно воспользовался этим и сначала углубился в Месопотамию, перейдя через Евфрат, до самого Вавилона, где он надеялся заручиться лояльностью сатрапов, управлявших иранскими и восточными провинциями империи вплоть до Бактрии. По крайней мере, это следует из триумфальной надписи, сделанной в помпезном стиле хроник о победах фараонов и обнаруженной в Адулисе — африканском порту на Красном море. Но у Лагида не было средств, чтобы воссоединить на прочной основе столь обширные территории: угроза внутренних беспорядков в Египте вынудила его повернуть назад и возвратила к мудрой политической линии, в свое время выработанной его предком Сотером. Селевк II без особых усилий вернул себе основную часть этих временно завоеванных территорий, оставив тем не менее после пяти лет войны в руках Птолемея значительную часть анатолийского побережья в Ионии, Карии, Ликии, Памфилии и Киликии, а также, не считая Келесирии, крайне важной для безопасности Египта, порт Селевкию, открывающий ворота в Антиохию. С другой стороны, лагидское присутствие установилось на крайнем севере Эгейского моря — на Самофракии, на фракийском побережье в районе Эноса, в Херсонесе и даже в Геллеспонте. Никогда еще империя Птолемеев не распространялась так далеко. Птолемей III около 240 года до н. э. мог по праву гордиться этим. Он привез из Азии среди бесчисленных трофеев множество статуй египетских богов, когда-то присвоенных персом Камбисом, завоевавшим Египет в 525 году до н. э. Они были снова помещены в свои исконные святилища: признательные за эти благодеяния египтяне наградили монарха прозванием «благодетель» — по-гречески Эвергет, которое за ним закрепилось. Отныне к паре богов-Адельфов в официальном культе правителей добавилась чета богов-Эвергетов — Птолемей III и Береника II.