Эта атмосфера подозрительности и убийств, царившая при дворе Лагидов, побудила Антиоха воспользоваться ситуацией, чтобы добиться победы в Келесирии. В 219 году до н. э. селевкидская армия атаковала и взяла Селевкию Пиэрию — порт Антиохии, который Птолемей Эвергет завоевал и удерживал со времен Лаодикейской войны. Предводитель наемников, служивший Птолемею IV и защищавший Южную Сирию, предал своего повелителя и сдал порт Тир. Войска Антиоха достигли границ Египта. В Дельте спешным порядком готовились дать отпор неприятелю с помощью старого способа: окрестности Пелузия, находившегося на восточном рукаве Нила, были затоплены путем разрушения плотины. Это позволило выиграть время до зимы, а затем начать отвлекающие боевые действия в Палестине. Сосибий воспользовался этой передышкой, чтобы переформировать лагидскую армию, введя в нее двадцать тысяч коренных египтян — и это нововведение имело важнейшие последствия. Эти поспешно набранные феллахи были снаряжены на греческий манер и организованы в фалангу, отличную от македонских и наемнических войсковых объединений. С усиленной таким образом армией Птолемей IV в 217 году до н. э. встретился с Антиохом при Рафии, на южной границе Палестины, и одержал полную победу. Антиох отступил, освободив всю завоеванную им до этого Келесирию. Птолемей заключил мир, оставив своему противнику Селевкию Пиэрию, но сохранив за собой сирийский бастион, заслонявший Египет.
Победа при Рафии спасла Египет от вторжения: она отмечалась с особым размахом. Птолемей IV принес в жертву Гелиосу, греческому богу-солнцу, который соответствовал великому египетскому солярному богу АмонуРа, четырех слонов и повелел возвести бронзовые статуи этих животных, дабы увековечить память о беспримерном жертвоприношении. Но каким бы обоснованным ни было это ликование, в нем таились пагубные для лагидской монархии последствия. Роль, сыгранная в этой битве корпусом туземных солдат, позволила египетскому крестьянству осознать свою силу перед царскими чиновниками и греко-македонскими колонистами. Поскольку начиная с последних лет царствования Эвергета по не вполне ясным причинам финансы и экономика Египта переживали кризис, бремя налогов стало особенно тяжелым, и феллахи ответили на это неподчинением, неповиновением и даже в некоторых местах вооруженными бунтами, в которых участвовали солдаты, воевавшие при Рафии. Эти явления, которые мы не можем детально проследить, очень быстро приняли хронический характер и с тех пор стали типичны для лагидского Египта. Полибий уже совершенно осознанно отмечает, что привлечение коренного населения в царские войска при Рафии было необходимо в тот момент, но оно создало большие проблемы в будущем. Через сто лет после победы, в 207–206 годах до н. э., Верхний Египет, традиционно недоверчивый по отношению к центральной власти, сосредоточенной в Дельте, отделился, его возглавили правители нубийского происхождения. Он оставался автономным до 186 года до н. э., лишив, таким образом, Александрию ресурсов, которые она получала с южных территорий и от торговли с Нубией и регионами Верхнего Нила. Все эти волнения только усугубили экономические и финансовые трудности страны, которая в какой-то мере и так страдала от пагубных для ее торговли с Западом последствий 2-й Пунической войны. Мы можем отметить, что примерно с 210 года до н. э. ограничивается хождение серебряной монеты, что указывает на дефицит этого металла, а для внутреннего оборота в большом количестве чеканится медная монета. Таким образом, обнаружилось, что изобилие ресурсов, облегчавшее деятельность первых трех Птолемеев, начинает сокращаться в правление Птолемея IV; это уменьшение свободных средств отразилось на дальнейшей политике Лагидов.