Еще один офицер вспоминает, что в то время «в Узбекистане активизировались националистические и радикально настроенные группировки. Славян везде начали притеснять и откровенно угрожать. Дело дошло до того, что приходилось охранять свои семьи. В каждом доме завели очередность охраны. Считали это боевым дежурством. На охрану своего дома… я брал в «оружейке» автомат с четырьмя рожками, ПМ с 32 патронами, две гранаты, радиостанцию и бронежилет».
ВВС Узбекистана были созданы в ноябре 1992 г., когда Президент подписал Указ о взятии под свою юрисдикцию частей, дислоцированных на территории Республики. Военное руководство не стало давить на личный состав, заставляя принимать новую присягу, подписывать контракты, и не препятствовало переводам в другие страны бывшего СССР. Однако – подавляющее большинство авиачастеи со всей техникой осталось на местах. По имеющимся данным, в Россию убыла только 101-я отдельная эскадрилья из Нукуса, обеспечивавшая деятельность полигона по испытанию химического и бактериологического оружия.
Оставшееся на территории Узбекистана количество авиатехники было столь значительным, что за прошедшие два десятилетия страна почти не делала новых приобретений. Согласно официальным данным, исключением стали лишь 2 боевых самолета, поставленных Россией. Известно также, что часть узбекских Ан-12 прошла ремонт на российских АРЗ.
В 1992-93 гг. узбекские Су-24, Су-25, Ми-8 и Ми-24, в том числе из 396-го и 399-го ОВП, использовались для поддержки правительства Таджикистана в борьбе с оппозицией. Вертолеты выполняли транспортные задачи, а также совместно с Су-24 и Су-25 осуществляли огневую поддержку войск. Потери составили 2 Ми-8, по одному Су-24 и Ми-24. В июле-августе 1999 г. помощь пришлось оказывать уже кыргызскому правительству, направив бомбардировщики Су-24 для ударов по отрядам боевиков. И опять не обошлось без потерь – один самолет был сбит.
| Авиачасть | ЛА | Аэродром |
| | тип | кол-во | |
| 60-я САБР | Су-24 | 23 | Ханабад |
| | Су-24MP | 11 | |
| | Су-25 | * | |
| | Су-27 | 31 | |
| | Су-25 | * | Джизак |
| САБР | L-39 | 5 | |
| | Ми-24 | * | |
| | Ми-8 | * | |
| ВТАБР | Ан-12 | * | Фергана |
| | Ан-26 | 13 | |
| ОТАЭ | Ил-76 | 12 | Ташкент |
| | Ан-12 | * | |
| | Ан-24 | 1 | |
| | Ту-134 | 1 | |
| 65-я ОВБР | Ми-8 | * | Каган |
| 66 -я ОВБР | Ми-24 | * | Чирчик |
| | Ми-8 | * | |
*Общее количество Су-25 – 20 единиц, Ми-24 – 30, Ми-8 – 52, Ан-12 -10. На хранении находятся 36 МиГ-29, 32 Су-17МЗ, 9 Л-39, 30 Ми-6, 2 Ми-22, 1 Ми-26, 7 Ми-2 и 10 Ан-2.
С началом так называемой деруссификации из запаса было призвано значительное количество офицеров коренной нации, удельный вес которых в офицерском корпусе быстро вырос с 50 до 85%. По мнению большинства экспертов, уровень их подготовки оказался невысоким, что весьма негативно отразилось на обороноспособности Узбекистана. В авиации изменить ситуацию к лучшему позволило создание Джизакского ВВАУ, которое выпустило первых летчиков в 1997 г.