В рамках проводимых реформ ВВС Узбекистана претерпели значительные структурные изменения. Например, в 1993 г. 87-й ОРАП (Су-24МР) объединили с 733-м БАП (Су-24), а ферганский военно-транспортный авиаполк (Ан-12) расформировали. В дальнейшем авиационные полки были преобразованы в смешанные авиационные бригады (САБР), а вертолетные полки – в вертолетные бригады (ВАБР), которые в настоящее время входят в объединенный вид вооруженных сил Войска ПВО и ВВС. Численность их личного состава эксперты оценивают в 8500 человек. Современный парк авиатехники приведен в таблице на стр. 36.
Согласно двухсторонним соглашениям, с 2006 г. ВВС РФ получили возможность при необходимости задействовать узбекскую авиабазу Карши-Ханабад для оперативного наращивания и развертывания российских войск в Центральной Азии. В 2001-05 гг. эту авиабазу использовали ВВС США для поддержки своих войск в Афганистане. Однако американцам пришлось покинуть ее после соответствующего решения сената Узбекистана. 21 ноября 2005 г. с Ханабада взлетел последний американский самолет.
Кыргызстан после распада СССР получил в свое распоряжение около пятидесяти МиГ-21, семидесяти L-39, пятидесяти Ми-8 и Ми-24 из состава 5-х Центральных курсов подготовки и усовершенствования авиационных кадров, специализировавшихся на подготовке авиационных специалистов для иностранных государств (аэродромы Кант, Фрунзе-1, Токмак). Однако из-за отсутствия финансирования очень скоро в распоряжении Управления авиации МО Кыргызстана осталось 2 летающих L-39, 1 МиГ-21, 3 вертолета и 2 военных летчика. К 1999 г. ситуация лишь незначительно улучшилась, и в июле-августе кыргызская авиация не смогла оказать правительственным силам эффективной поддержки во время Баткенских событий. По свидетельству очевидцев, в боях с узбекскими боевиками участвовали 6 кыргызских Ми-8, 2 L-39, несколько Ан-12 и Ан-26. Причем «Альбатросы» использовались для бомбометания.
В последующие годы удалось восстановить ряд ЛА до летного состояния, а также закупить в 2004 г. в Казахстане 2 Ми-8. Кроме того, в 2004-07 гг. Кыргызстан получил в виде помощи от США по 4 Ми-8 и Ан-2, а от России – 3 Ми-8 и 2 Ми-24. В 2010 г. после т.н. «революции тюльпанов-2» лидеры стран ОДКБ 1* решили безвозмездно поставить Кыргызстану 9 Ми-8.
В целом, экономика этой страны не позволяла найти достаточно денег на нужды военных. Не имея возможности поставить на крыло значительную часть авиапарка, МО Кыргызстана стало продавать свои самолеты частным коллекционерам. Например, американец Д. Кирлин