На основании изучения развалин Мохенджо-Даро археологи утверждают, что древний город неоднократно заливали воды Инда и его жители часто вынуждены были покидать свои жилища. А может быть, ушла вода и вместо с ней ушли люди, как это случилось, например, в так называемом «мертвом городе» Фатехпур-Сикри, построенном императором Акбаром на берегу Джамны и покинутом жителями в результате изменения Джамной своего русла! Ученые считают, что в ту отдаленную эпоху климат в западных районах Индии был более влажным, чем сейчас. Не согнало ли жителей древнего города с насиженных мест неумолимое наступление пустыни, как это произошло в свое время во многих городах Хорезмского царства?
В гимнах Ригведы (второе тысячелетие до н. э.) есть упоминание о реке Арджикия, некогда протекавшей западнее Инда. Сейчас ее в Индии нет, как нет и реки Сарасвати, которая, согласно древним преданиям, впадала когда-то в Гангу в том самом месте, где с ней сливается Ямуна (Джамна) у города Праяга (Аллахабада). Это место до сих пор носит название «Тривени» (место слияния трех рек). Не явились ли причиной этих географических изменений землетрясения, в результате которых могли исчезнуть либо изменить свои русла реки, погибнуть города?
Наиболее распространенная в западной науке гипотеза объясняет гибель Хараппской цивилизации вторжением в Индию в середине второго тысячелетия до нашей эры хорошо вооруженных воинственных скотоводческих племен ариев, которые разрушили ряд городов, частично истребив, частично превратив в рабов мирных селян, ремесленников и торговцев. В песнях и гимнах Ригведы упоминается о древних поселениях долины Инда, о больших городах («пура»), населенных «хитрыми купцами», чьи огромные богатства вызывали зависть ариев. Недаром один из главных богов арийских племен, Индра, воспевается в Ригведе как «разрушитель городов».
«Вероятнее всего, — пишет известный советский ученый академик В. В. Струве в предисловии к книге Э. Маккея «Древнейшая культура долины Инда», — это было обычное столкновение между кочевниками и оседлым населением, борьба между которыми велась обычно и с той и с другой стороны с большой жестокостью. Борьба еще более обострялась вследствие того, что в этих двух обществах мы находим различные типы производственных отношений». История знает много подобных трагедий, когда стоящие на более низких ступенях развития, но лучше организованные в военном отношении племена варваров сметали с лица земли развитые экономические и культурные центры. Можно предположить, что, подобно тому как племена дорийцев разрушили древнегреческие города Микены и Тиринф, воспетые в греческих мифах и гомеровском эпосе, как германские племена нанесли сокрушительный удар по Римской империи, как в более позднее время тюркско-монгольские орды уничтожили целые цивилизации, так и в результате нашествия с северо-запада воинственных ариев погибла Хараппская культура в Индии.