Мюллер продвигался по службе вместе с Борманом. У него были все возможности заглядывать за плечо Бормана. Даже Гитлер, будучи фюрером, не мог так свободно проявлять интерес к мельчайшим деталям того, что творилось в Третьем рейхе. Мюллер пропал одновременно с Борманом. Кто-то позаботился о том, чтобы собрать скелет из костей трех человек, закопать останки на берлинском военном кладбище, написать на могиле имя Мюллера и краткую историю его жизни.
Осведомленный источник — маршал Тито — в своих неопубликованных дневниках придерживался мнения, что Мюллер являлся русским информатором, о присутствии которого всегда подозревали, но никак не могли этого доказать. Тито был воинственным молодым человеком, когда увлекся мощным профсоюзным движением, охватившим Германию. Его позднейшая деятельность партизанского лидера затмила те годы, которые он провел в качестве советского агента, причем такого успешного, что он оказался практически единственным среди видных иностранных коммунистов, приглашенных в Москву, кто избежал смерти во время великой сталинской чистки. Работа в Коминтерне давала ему прекрасную возможность периодически появляться в Москве и даже вести там сравнительно свободную жизнь.
Предположение Тито относительно Мюллера поддерживали эксперты западной разведки, которые занимались изучением этого периода в 70-е годы. Считается, что Мюллера завербовали, когда немецкая коммунистическая партия с количеством членов в четверть миллионов человек приближалась к вершине своего благополучия. Она имела двадцать семь газет, четыре тысячи легальных ячеек и значительное число подпольных. Мюллер побывал тогда в Советском Союзе, где изучал политическую систему. Представляется немаловажным тот факт, что его всегда обвиняли в попытках создать гестапо по образцу советских ГПУ и НКВД, под чьим патронажем он находился в период своего пребывания в Москве, куда приехал с одобрения нацистской партии.
Когда он вернулся, Германия уже стала ареной деятельности крупнейшей в мире шпионской сети. Тито тогда был агентом Коминтерна на немецкой фабрике. Он вспоминал, как рабочим говорили, что, предоставляя техническую информацию Советскому Союзу, они не являются предателями, так как это помогает борьбе за диктатуру пролетариата.
Впоследствии Мюллер проводил репрессии против коммунистов на своем посту в «коммунистическом» 6-м отделе штаба мюнхенской полиции. Но они совпали с затеянной в Москве чисткой сотрудников органов госбезопасности, когда сотни ведущих агентов под разными предлогами вызвали в столицу, где они предстали перед расстрельными командами. Так у Мюллера появилась отличная возможность — убедительно продемонстрировать нацистам свое усердие, избавившись от коммунистов, которые в любом случае были бы уничтожены. Он стал неутомимым врагом коммунизма. Его отчеты содержали мельчайшие подробности работы всех структур советских разведывательных, карательных и следственных органов — от малых ячеек до московской милиции. Гейдриха столь впечатлила активность Мюллера, что он назначил его ответственным за ликвидацию неугодных лиц, подделку документов и за прочие «грязные» вещи. С советской точки зрения, жизни нескольких тысяч товарищей вполне могли быть принесены в жертву ради сохранения доверия к такому крайне важному агенту как Мюллер.