Ипатьевский же монастырь был укреплен еще лучше, чем город Кострома. Еще в 1568 г. монастырь был обнесен каменной крепостной стеной. Протяженность стен составляла 243 сажени (518 м). Восточная стена примыкала к реке Костроме. Стены стоят на мощном фундаменте, уходящем на несколько метров в глубь земли. Фундамент построен из валунов, скрепленных известковым раствором. Высота стен в то время составляла около 6 метров, а толщина 2,1 метра. Они были выложены из двух рядов кирпичной кладки, пространство между которыми заполнено бутом. Стены делились на два яруса. В верхнем ярусе находилась галерея боевого хода, вдоль которой равномерно располагались щелевидные бойницы и смотровые окна. В нижнем ярусе, в арочных углублениях, находились бойницы подошвенного боя, позволявшие максимально сократить «мертвую зону». Между ярусами бойниц находились варовые щели, позволявшие защитникам монастыря лить на противника горячий «вар», то есть смолу или кипяток непосредственно с галереи боевого хода.
С четырех сторон крепостная стена фланкировалась круглыми башнями. Каждая башня имела три уровня боя. Самый верхний имел, помимо щелевидных бойниц, еще и широкие круглые отверстия для установки пушек. Он также был снабжен машикулями (навесными бойницами), предназначенными для сокращения «мертвой зоны» у стен башни. Бойницы среднего яруса позволяли вести огонь по противнику как из небольших артиллерийских орудий, так и из ручного огнестрельного и метательного оружия (луков и арбалетов). Подобно стенам, башни имели бойницы подошвенного боя.
Чтобы взять такие твердыни, как Кострома и Ипатьевский монастырь, нужен был достаточно большой отряд осаждающих (не менее трех тысяч человек) с осадной артиллерией и как минимум несколько недель осады. Мне могут возразить и привести примеры, когда мощные крепости в 1605–1611 гг. сдавались небольшим конным отрядам. Да, действительно, такие случаи имели место, но только когда гарнизон или горожане решали поменять царя, например, Шуйского на Димитрия или наоборот.
Еще до начала Смуты Шестовы и Романовы имели в Костромской крепости «осадные дома», то есть собственные дома, где можно было отсидеться в случае нападения противника. Так что жить или защищаться в Домнине или в ином месте в своих вотчинах оба семейства не собирались еще до Смуты. Марфа с сыном могла проинспектировать свои вотчины, но жить там было опасно. Ряд историков считают, что Михаил и Марфа жили в Костромской крепости на своем осадном дворе и прибыли в Ипатьевский монастырь лишь для встречи «великого посольства» из Москвы. Другие утверждают, что жить в монастырь Романовы переехали лишь с началом Великого поста (февраль — начало марта 1613 г.), «дабы провести эти дни в уединении и молитве», тем более что сама Марфа была монахиней. Наконец, третья группа историков считает, что Романовы жили только в монастыре, а в Костроме если и бывали, то наездами. При этом документальных свидетельств о местопребывании Марфы и Михаила нет ни у кого.