Лично я присоединяюсь к третьей точке зрения. Дело в том, что жители Костромы вдоволь натерпелись лиха от тушинцев и люто их ненавидели. Соответственно, приезд в город жены и сына тушинского патриарха мог вызвать эксцессы. И наоборот, игумен и монахи Ипатьевского монастыря были верными тушинцами.
Любопытно, что на сторону Тушинского вора архимандрит Феодосий с братией перешли не по идеологическим причинам, а из-за «бабок». Царю Василию требовались деньги для войны с Болотниковым и Тушинским вором, и он имел неосторожность попросить их у Ипатьевского монастыря. Результат не заставил себя ждать, и в конце октября 1608 г. архимандрит Ипатьевского монастыря Феодосий и игумен соседнего костромского Богоявленского монастыря Арсений отправились в Тушино, где и принесли присягу Лжедмитрию II.
Понятно, что теперь монастырь оказался в полном подчинении у Тушинского патриарха. Следует заметить, что Филарет и Феодосий отлично ладили, и монастырь стал надежным оплотом тушинцев в Костромском крае.
Кострома поначалу была захвачена отрядом Лжедмитрия II. Но в начале декабря 1608 г. горожане подняли восстание. Местные тушинцы были перебиты, а их воеводу Дмитрия Мосальского-Городетского долго пытали, а затем, отрубив руки и ноги, утопили в Волге. (Марфе эта история была хорошо известна).
Тушинский царь отправил в Кострому карателей во главе с Эразмом Стравинским и Александром Лисовским. Поляки предали Кострому огню и мечу. Видимо, какая-то часть костромичей пыталась укрыться за стенами Богоявленского монастыря и там оказать сопротивление тушинцам. 30 декабря 1608 г. Богоявленский монастырь был захвачен и разорен отрядом Лисовского. При штурме погибли три иеромонаха, один иеродиакон и семь монахов. В это же время был разорен и разграблен Крестовоздвиженский монастырь в костромском кремле, при этом погибли его архимандрит Геннадий и десять человек братии.
В конце февраля 1609 г. костромичи вновь восстали, однако на сей раз тушинскому воеводе Никите Вельяминову удалось унести ноги в Ипатьевский монастырь. Но не менее двухсот тушинцев костромичи «посадили в воду», то есть попросту утопили в Волге.
В начале марта 1609 г. Никита Вельяминов написал в Тушино пану Сапеге следующее письмо о помощи: «…в Ипацком монастыре людей немного, да и те иные побиты и поранены, и лошади у них побиты ж».
В конце апреля 1609 г. к монастырю подошло войско Василия Шуйского во главе с воеводой Давыдом Жеребцовым и приступило к осадным работам. В начале мая 1609 г. Вельяминов писал Сапеге, что к монастырю подошли на судах «воры Государевы изменники, многие люди, и дети боярские, костромичи и галиченя и нижегородские стрельцы, и с Вологды сиберьские стрельцы ж, и казаки, и галиченя и унженя и кологривцы и парфеньевцы и судайцы, многие мужики, а у них… воевода Давыд Жеребцов; и я на них, из Ипацкого монастыря, с дворяны и с детьми боярскими, с костромичи и галичаны, выходил и с ними бились, с первого часу дни да до вечера: и Божиею, господине, милостию и Пречистые Богородицы и великих Чудотворцев молитвами, и Государевым счастьем, на том деле воров государевых изменников многих побили, и языки у них знамяна их воровские поимели…»