Еще до подхода отряда Хохлова в Астрахани началось восстание против Заруцкого. Город оказался во власти восставших, а казаки с Заруцким и Мариной заперлись в кремле. Узнав о подходе Хохлова, в ночь на 12 мая «царское семейство» с верными казаками бежало на стругах вверх по Волге.
Хохлов со стрельцами на стругах и лодках немедленно бросился в погоню. Он нагнал казаков Заруцкого и наголову их разбил. Среди пленных оказалась и фрейлина Марины полячка Варвара Казановская. Однако самому Заруцкому с Мариной и «воренком» удалось уйти на трех стругах, затерявшись в волжских протоках и островах. Волга ниже Царицына помимо основного русла имеет ряд параллельно текущих левых рукавов, самый крупный из которых — Ахтуба. Рукава соединяются с основным руслом многочисленными протоками. В мае при высокой воде Волга в нижнем течении представляет собой архипелаг островов. В этом то архипелаге и затерялись три струга Заруцкого.
А тем временем воевода князь Одоевский вместо ловли беглецов вступил в переписку с Хохловым. Ведь к приходу московской рати весть Астраханский край был очищен от воров к большому негодованию Одоевского. Он писал Хохлову, чтобы тот не извещал царя об астраханских событиях до его прихода, а если уже послал гонца, то вернул бы его с дороги, «потому что им, воеводам, надобно писать к государю о многих государевых делах». Не приняв никакого участия в освобождении Астрахани, Одоевский требовал от Хохлова, чтобы тот заставил астраханцев устроить ему торжественную встречу: «А нас велеть встретить терским и астраханским людям, по половинам, от Астрахани верст за тридцать или за двадцать».
Заруцкий же рукавами и протоками Волги прошел мимо Астрахани, вышел в море, а затем по реке Яик (Урал) дошел до Медвежьего городка. Валишевский считает, что Заруцкий собирался бежать в Персию, но тогда непонятно, почему он не сделал это сразу, выйдя на стругах в Каспий? В мае море довольно спокойное, а в случае волнения он мог переждать в одной из безлюдных бухт.
В Медвежьем городке Заруцкий с Мариной оказались фактически в плену у местного казачьего атамана Уса. Князь Одоевский в Астрахани узнал о появлении Заруцкого на Яике и 6 июня 1614 г. отправил туда на стругах двух стрелецких голов Пальчикова и Онучина с отрядом стрельцов. Стрелецкий отряд 24 июня осадил Медвежий городок. Атаман Ус с товарищами осознали безнадежность сопротивления, и на следующий день городок сдался. Казаки били челом, целовали крест государю Михаилу Федоровичу и выдали Заруцкого с Мариной, Иваном и чернецом Николаем. В тот же день всю компанию под конвоем отправили в Астрахань.