Младшая дочь Никиты Романовича Ирина вышла замуж за боярина Ивана Ивановича Годунова. Потомства у них не было.
Наиболее выдающейся личностью из большой семьи Никиты Романовича стал его старший сын Федор. Он был красив и статен. Он, по-видимому, первым из московской знати стал брить бороду и носить короткую прическу. О щегольстве Федора и уменье одеваться иностранные послы говорили, что если московский портной хотел похвалить свою работу заказчику, то он говорил: «Вы теперь одеты как Федор Никитич». В 1586 г. Федор прямо из рынд прыгнул в бояре.
Федор Никитич оказался плодовит: с 1592 по 1599 год у него родилось шесть детей, но выжили лишь двое — Татьяна и Михаил, а остальные умерли в младенчестве (Борис в 1593 г., Никита в 1593 г., Лев в 1597 г. и Иван в 1599 г.). Позже Татьяна выйдет замуж за князя Ивана Михайловича Катырева-Ростовского, а Михаил, родившийся 12 июля 1596 г., станет царем.
Романовы не поддержали и Бориса в самые трудные для него дни. Видимо, Романовы участвовали в попытке возведения на престол низложенного царя Симеона Бекбулатовича и в других интригах против Бориса, но никакими достоверными данными на этот счет историки не располагают.
Не было претензий к Романовым и у новоизбранного царя Бориса. Мало того, в сентябре 1598 г. царь Борис пожаловал боярство Александру Никитичу Романову, а также романовской родне Михаилу Петровичу Катыреву-Ростовскому и князю Василию Казы Кардануковичу Черкасскому. Формально Романовым не на что было жаловаться, и мирное сосуществование Романовых и Годуновых длилось до 1600 г.
В конце 1599 г. — начале 1600 г. Борис Годунов тяжело заболел. К осени 1600 г. состояние здоровья царя настолько ухудшилось, что он не мог принимать иностранных послов и даже самостоятельно передвигаться — в церковь его носили на носилках.
Братья Романовы решили, что настал их час, и начали подготовку к перевороту. Из многочисленных романовских вотчин в Москву стали прибывать дворяне и боевые холопы. Несколько сот вооруженных людей сосредоточилось на Варварке в усадьбе Федора Никитича. Среди них был и молодой дворянин Юрий Богданович Отрепьев.
Однако спецслужба Бориса не дремала. По приказу царя в ночь на 26 октября 1600 г. несколько сот стрельцов начали штурм усадьбы на Варварке. Несколько десятков сторонников Романовых было убито при штурме, а многие казнены без суда и следствия.
Обвинение Романовых в организации государственного переворота Годунову было нецелесообразно, поскольку это произвело бы невыгодное для новой династии впечатление как внутри страны, так и за границей. Поэтому Романовым было поставлено в вину колдовство. Братья Никитичи были отданы на суд Боярской думы. Титулованная знать — Рюриковичи и Гедиминовичи — ненавидели безродных выскочек, как Годуновых, так и Романовых. Надо ли говорить, что сочувствия в думе Романовы не нашли.