Скучать здесь было некогда: Петр сразу отправил Крюйса в Воронеж и на Азовское море – там начинался русский военно-морской флот. Крюйс плавал по Азовскому морю, чертил карты Приазовья, составлял описание окрестных земель, строил корабли, гавани и крепости. Голландцев там было великое множество – подчас из них формировали целые экипажи кораблей. Все они стремились, как и Крюйс, в Россию за длинным рублем. И все они как один признавали Крюйса своим вождем – он был умен, суров, немногословен. В 1700 году началась Северная война, и через два года Крюйса отправили в Голландию, чтобы выполнить важное задание Петра – нанять как можно больше голландских кораблестроителей и моряков. С этого времени Петр носился уже с новой игрушкой – создавал военный флот на Балтике. По-видимому, новое дело увлекло Крюйса – дома он не остался, а ведь мог! Так под видом поездки по делам из России бежали те иностранцы, кому было трудно ужиться с Петром.
Крюйс приехал прямо в Санкт-Петербург, на стройку Адмиралтейства. Он поселился в доме на Адмиралтейском острове, неподалеку от дома Петра и других вельмож. Дом глядел окнами на Неву, и во дворе крюйсова дома стояла церковь – лютеранская кирха, первая иноверческая церковь в Петербурге. Здесь служил привезенный Крюйсом из Голландии пастор Виллем Толе. Сюда со всего Петербурга собирались молиться все живущие в русском городе голландцы – как известно, кальвинизм, царивший в Голландии, отличался особой строгостью. Наверняка Крюйс был пресвитером кирхи. А вскоре он стал спасителем будущей русской столицы с моря…
Весьма забавно уже то, что Крюйс, всю жизнь проплававший как торговый моряк, выиграл на старости лет настоящее морское сражение, первое и единственное в своей жизни. Нет, когда Крюйс узнал о подходе шведской эскадры к Кронштадту, он не бросился навстречу ей со своими кораблями – шведы были явно сильнее, а только что построенный русский флот с голландскими и английскими экипажами был еще очень слабеньким. Его корабли – разномастные, мелкие, построенные из сырого леса, плохо укомплектованные и снаряженные, с трудом можно было назвать полноценным флотом, способным сразиться с противником в открытом море. Тем не менее действия Крюйса в обороне оказались очень умелыми и продуманными. Он удачно использовал остров Котлин как непотопляемый корабль, который вооружил пушками. Они стояли и по берегам, и на «носу» – узкой западной оконечности. Тут были построены артиллерийские батареи и редуты.
Из-за этого, имея превосходящие силы, в том числе многопушечные линейные корабли, Анкерштерн не решился прорываться к Петербургу. Возможно, причина нерешительности шведского адмирала заключалась не только в продуманной системе русской обороны, но и в хитрости Крюйса. Как писал датский посланник Ю.Юль, Крюйс «приказал побросать ночью в море и поставить на якоря поперек фарватера известное количество свай наподобие палисада. Шведы… хотели пробиться силою, а затем сжечь город Петербург. Когда шведская эскадра, идя на всех парусах по фарватеру, заметила этот стоящий на якорях палисад, то оставила свое намерение, вообразив, что сваи вбиты в дно, и опасаясь, что, наткнувшись на них, корабли пойдут ко дну».