К тому времени, даже прежде не видевший необходимости в захвате Ташкента, военный министр Милютин, вынужден был согласиться с доводами сторонников штурма. Немаловажную роль, кстати говоря, тут сыграл Иван Давыдович Якобсон, составивший докладную записку на высочайшее имя с обоснованием немедленного захвата важнейшего политического, логистического и торгового центра региона.
От перебежчика стало известно об узком месте обороны огромного для тех краем города. В тридцати верстах от Ташкента, возле крепости Ниязбек начинались оросительные каналы, питающие водой горожан. Достаточно было перерыть водоотвод из реки Чирчик, и Ташкент остался бы без капли влаги под безумным южным солнцем.
С другой стороны, с помощью «цивилизованного мусульманина», известного торговца Мухаммеда Саатбая, в течение зимы-весны 1865 года в Ташкенте была организованна про-русская партия. Многие купеческие семьи жили за счет торговли с северным соседом, еще больше горожан опасались мести русских за глумление над телами погибших.
Не ведая о настроениях в кулуарах власти, генерал-майор отправил в столицу прошение о рекомендациях на случай, если «в Ташкенте произойдет бунт, и жители обратятся с просьбой о помощи». О том, как эту просьбу они с Саатбаем намерены были организовать, командир благоразумно умолчал.
Тем не менее, войск у Черняева было настолько мало, что прямого штурма он все еще опасался. О том, что вопрос с присоединением города к империи уже решен, и что из Верного выдвинулись две роты пехоты, пять сотен казаков и батарея пушек, генерал не знал. Но опасался, что пришлют какого-нибудь другого военачальника, который на всем готовом овеет себя славой завоевателя ускользнувшего из рук Черняева города.
Поэтому, не дожидаясь вестей с севера, в последних числах апреля, с десятью ротами солдат, полком казаков и двадцатью орудиями, назначенный военным губернатором Туркестана, генерал-майор Черняев приступил к стенам Ниязбека. На следующий же день, гарнизон крепости сдался. Оросительные каналы были перекрыты.
Отряд выдвинулся к Ташкенту, надеясь встретить по дороге делегацию горожан с ключами от города. Однако вместо них Черняеву попалась шеститысячная армия кокандцев с множеством пушек. Девятого мая генерал дал сражение, окончившееся полным разгромом неприятеля. Ни одного русского военнослужащего не было убито. Кокандцы потеряли более трех сотен только убитыми, и правителя ханства Алимкула, в их числе.
И в ночь с 14 на 15 мая начался штурм. Спустя три дня город пал. К Черняеву явились аксакалы и почетные жители Ташкента, с заявлением от имени всего города. Купцы, старейшины и элита «изъявили полную готовность подчиниться русскому государю». Всю зиму «бредивший Ташкентом» завоеватель Средней Азии, военный губернатор Туркестана въехал в город на белом коне.