7 июня к нему приехал начальник Генерального штаба Красной Армии Г.К. Жуков, которому стало известно о наветах против Смушкевича. Он настаивал на том, чтобы Яков Владимирович добивался приема у Сталина. Но было уже поздно. Маховик репрессий был запущен вновь. 8 июня 1941 года сотрудники органов НКВД арестовывают генерал-лейтенанта авиации Смушкевича: из госпиталя в тюремный «воронок» его вынесли на носилках.
Смушкевича обвиняют в связях с «врагом народа Уборевичем» и в участии в антисоветском военном заговоре. В процессе следствия широко применялись пытки и избиения для «выбивания» признаний. Во время проводимого после войны расследования фактов репрессий в отношении высшего военного командования был допрошен бывший начальник Следственной части МВД СССР генерал-лейтенант Л.Е. Влодзимирский. 10 октября 1953 года свидетель Болховитин на допросе показал: «По указанию Влодзимирского в начале июля 1941 г. была проведена очная ставка Смушкевича с Рычаговым. До очной ставки Влодзимирский прислал ко мне в кабинет начальника 1-го отдела следственной части Зименкова и его зама Никитина. Никитин по указанию Влодзимирского в порядке "подготовки" Рычагова к очной ставке зверски избил Рычагова. После этого привели в мой кабинет Смушкевича, судя по его виду, очевидно, он неоднократно избивался. На очной ставке он дал невнятные показания о принадлежности Рычагова к военному заговору»{29}.
В квартиру № 96 знаменитого Дома на набережной, где проживала семья Смушкевича, ночью пришли работники НКВД. Дверь они открыли дубликатами ключей, которые хранились на вахте. Дочь Смушкевича Роза Яковлевна вспоминает: «Среди ночи проснулась оттого, что мне в лицо светил фонарь. Мы с мамой вскочили: в комнате были люди, почему-то все в белых халатах. Нам показали ордер на обыск. Белые халаты объяснялись тем, что они только что произвели арест отца в больнице. Обыск шел 36 часов. У нас было около четырех тысяч книг. Перетряхивали каждую, а потом швыряли ее в кучу. Почему-то увезли все матрасы и подушки — мы потом спали на полу. Обыском руководил заместитель Берии — Богдан Кобулов...
Кто-то из наших друзей (по-моему, это был адмирал Кузнецов, который постоянно нам помогал) посоветовал мне написать письмо Сталину. Он сказал: есть договоренность с секретарем Сталина Поскребышевым, что это письмо прочитает Сталин.
В письме было написано и об отце, и о том, что нам не на чем спать, и о том, что у нас отобрали все деньги и жить не на что. В это время многие военные не боялись к нам приходить и помогали как могли, хотя мы ведь жили в подъезде, который строго охранялся, и за каждым посетителем следили.