Возглавлял Высшую летно-тактическую школу комбриг Э.Г. Шахт, Герой Советского Союза, участник войны в Испании. Он располагал к себе удивительной простотой в обращении. Несмотря на относительную молодость, Шахт пользовался большим авторитетом у слушателей и у преподавателей»{7}.
В 1938 году школа под руководством комбрига Шахта была преобразована в Высшие авиационные курсы усовершенствования.
В 1940 году Э.Г. Шахт окончил курсы высшего начальствующего состава при Военной академии Генерального штаба. Он получает под свое командование расквартированный в Рязани 167-й резервный авиаполк, где отрабатывает методику «слепых» полетов.
4 июня 1940 года постановлением Совета Народных Комиссаров СССР Э.Г. Шахту было присвоено воинское звание «генерал-майор авиации». В ноябре 1940 года он назначается на должность помощника командующего Военно-воздушными силами Орловского военного округа по военно-учебным заведениям.
Весной 1941 года руководство страны во главе с И.В. Сталиным уделяло повышенное внимание состоянию дел в Военно-воздушных силах РККА. Основанием для этого было как резко возросшее количество аварий и авиапроисшествий, так и наметившееся техническое отставание используемых самолетов. Этому были посвящены несколько заседаний Политбюро и Военного совета. В результате были сняты со своих постов и арестованы ряд прославленных генералов: А.Д. Локтионов, Я.В. Смушкевич, П.В. Рычагов (все трое в разное время возглавляли ВВС РККА), П.И. Пумпур и другие. Органы НКВД готовили новое громкое разоблачение очередной военно-шпионской организации.
10 мая 1941 года Постановлением ЦК ВКП(б) и СНК СССР было принято решение о снятии генерал-лейтенанта П.И. Пумпура с поста командующего ВВС Московского военного округа, как не справившегося со своими обязанностями и не обеспечившего руководство боевой подготовкой частей ВВС округа.
Позднее, 27 мая 1941 года, руководство страны вновь вернулось к вопросу о Пумпуре, обвинив его в неправильном подборе кадров: «Тов. Пумпур неоднократно настаивал перед ГУ ВВС КА о назначении в качестве заместителя командующего ВВС МВО генерал-майора авиации Шахта, который, как выяснилось при проверке, не может пользоваться доверием и является подозрительным человеком (немец по национальности, подданство СССР принял в 1936 году; в период пребывания немцев в г. Липецке, с ноября 1925 года по апрель 1926 года, служа в 1-й легкобомбардировочной эскадрилье, по совместительству работал представителем при немецкой школе в г. Липецке; был постоянным пилотом Я.И. Алксниса и командиром авиаотряда, обслуживавшего Управление ВВС при Я.И. Алкснисе»{8}. Органам НКВД было дано задание «тщательно проверить Шахта».