Приказом Реввоенсовета СССР № 719 от 03 июля 1925 года за достигнутые успехи 2-й эскадрильи было присвоено почетное наименование «имени Ф.Э. Дзержинского», а в декабре 1926 года она переименована в 7-ю отдельную авиаэскадрилью. В этом году ее возглавил известный летчик, герой Гражданской войны А.Д. Ширинкин. За боевые подвиги в воздушных схватках Первой мировой войны он был награжден четырьмя Георгиевскими крестами, а в боях за советскую власть заслужил два ордена Красного Знамени.
Евгений Птухин много летает, оттачивая свое мастерство. Быстро и в срок осваивает новую технику. Способности молодого летчика были замечены командованием. В 1926 году старший летчик Е. Птухин был назначен командиром звена.
Герой Советского Союза маршал авиации С. А. Красовский вспоминает: «В эскадрилье А.Д. Ширинкина служили летчики Петр Пумпур, Евгений Птухин... Невысокий русоволосый Птухин — в отряде его все любовно называли Женей — выделялся среди других незаурядным летным мастерством»{2}.
В декабре 1927 года 7-я эскадрилья была перебазирована в Витебск, в состав 2-й авиабригады Белорусского военного округа. Евгения Птухина назначают командиром отряда. Коммунисты части оказывают ему высокое доверие и избирают секретарем партийной организации эскадрильи. Он упорно учится авиационному делу. Одним из первых в части осваивает самолет Д-11. Много сил и времени отдает тому, чтобы все летчики быстрее освоили эту машину. Вместе с тем Евгений Саввич все больше и больше убеждается в том, что ему не хватает глубоких знаний в тактике, навигации, теории полета.
Видя в нем прирожденного лидера, отличного командира и способного организатора, командование части принимает решение направить Е. Птухина на учебу на курсы при Академии им. Н.Е. Жуковского. Здесь под руководством опытных преподавателей он изучает стратегию, тактику, устройство сухопутных, воздушных и морских сил, историю военного искусства. Перед тридцатью молодыми командирами начальствующего состава ВВС с лекциями выступали М.Н. Тухачевский, автор книги «Тактика авиации» А.Н. Лапчинский, начальник штаба ВВС В.В. Хрипин и другие.
В 1929 году Евгений Птухин оканчивает курсы усовершенствования командного состава и назначается командиром 15-й отдельной истребительной эскадрильи имени ЦИК СССР в Белорусском военном округе. На вооружении эскадрильи стояли самолеты И-2 бис, но вскоре появились новые И.3. Птухин лично проверяет боевые качества самолета. Все в части удивляются птухинской выносливости, когда тот выжимал из самолета все, что машина могла дать. В конце каждого летного дня командир эскадрильи собирал летчиков, отмечал успехи в пилотировании и терпеливо разбирал ошибки.