В преддверии войны на долю Николая Федоровича и его коллег выпала колоссальная нагрузка, связанная с участием в важнейших мероприятиях по подготовке страны к отражению фашистской агрессии. Немало делалось в армии в этих целях, но было допущено и много просчетов. Ватутину не изменяла объективность в оценках реального положения дел, хотя он не мог не понимать, что его выводы вряд ли воодушевят руководство страны и армии.
Сошлемся на свидетельство Г.К. Жукова. В первой половине февраля 1941 г. он вместе с Ватутиным подробно доложил наркому обороны о недостатках в организации и боевой готовности войск Красной Армии, о состоянии мобилизационных запасов. Общий вывод руководителей Генштаба был неутешителен: оборона страны находится явно в неудовлетворительном состоянии, особенно учитывая большое количество немецких войск в Восточной Пруссии, Польше и на Балканах, и требуются срочные меры по выправлению положения.
В конце того же месяца Ватутин на совещании у наркома обороны сделал подробный доклад о ходе строительства укрепленных рубежей вдоль государственной границы, состоянии железных, шоссейных и грунтовых дорог и средств связи. По его глубоко аргументированному выводу, приграничные железнодорожные районы были мало приспособлены для массовой выгрузки войск[149].
Разумеется, Генштаб не был лишь фиксатором недостатков и в рамках своей компетенции предпринимал возможные меры к их устранению. Для руководства страны, для наркома обороны маршала С.К. Тимошенко тщательно отрабатывались проекты важнейших документов, в первую очередь — оперативный план стратегического развертывания Вооруженных Сил и мобилизационный план. К руководству их разработкой и корректировкой Николаю Федоровичу пришлось подключиться сразу же по прибытии к новому месту службы в Генштаб. Действуя под руководством Б.М. Шапошникова, а позднее К.А. Мерецкова, он опирался на генералов A.M. Василевского, В.Д. Иванова, А.Ф. Анисова, Г.К. Маландина. Новый импульс этой работе придало назначение на пост начальника Генерального штаба генерала армии Жукова.
В 1940—1941 гг. план стратегического развертывания Вооруженных Сил перерабатывался как минимум трижды.
Осенью 1940 г. это было сделано в связи с тем, что северо-западная и западная границы были отодвинуты вперед до 300 км. Однако тогда же в него были внесены и серьезные стратегические ошибки. Так, наиболее опасным стратегическим направлением считалось юго-западное направление — Украина, а не западное — Белоруссия, на котором гитлеровское командование в действительности сосредоточило и с началом боев ввело в сражение самые мощные сухопутные и воздушные группировки. Это обстоятельство, по справедливому мнению Г.К. Жукова, негативно отразилось на ходе оборонительных действий на западном направлении.