В 1862 году, окончив Пажеский корпус, он навсегда снял парадный сюртук с золотыми позументами, белые рейтузы и сияющие сапоги, туго обтягивающие ноги до самых колен. И явился во дворец на прощальный прием к императору не в ярком гвардейском мундире, в каких предстали перед его величеством другие воспитанники корпуса, а в тусклой форме амурского казачьего войска — в черном сюртуке и серых шароварах. Александр окинул взглядом новоявленных офицеров и с удивлением обнаружил среди них невзрачного хорунжего, едва узнав в нем своего изящного камер-пажа. «Князь Кропоткин?! Так ты едешь в Сибирь? А твой отец согласен?» — «Да, согласен», — ответил Кропоткин, хотя ему еще не удалось сломить письмами сопротивление гордого и сурового батюшки. «Тебя не страшит ехать так далеко?» — спросил государь. «Нет, не страшит. Хочу работать, а в Сибири много дел. Я имею в виду начатые реформы, ваше величество.» — «Реформы?.. — Александр посмотрел на него с печальным недоумением. — Ну что ж, поезжай, князь», — сказал он устало.
И князь укатил в Сибирь, впервые повернув не в ту сторону, куда текла его жизнь, жизнь столбового дворянина, кровного потомка Рюриковичей.
Иркутск, возбужденный идеями реформ, принял юного горячего князя восторженно. Его с радостью взял к себе молодой генерал Кукель, временный губернатор Забайкальской области, недавний покровитель ссыльного Бакунина (Кропоткин хотел бы видеть легендарного бунтаря, но не застал его в Сибири). Кукель увез казачьего офицера в Читу и предложил ему огромную работу — преобразование городского самоуправления, тюрем и системы ссылки. Хорунжий жадно набросился на проекты. Но генерал не ограничивал его этим, а частенько посылал в глубину области обследовать дела местной администрации. «Дерзайте, искореняйте чиновничье самоуправство и насилие». Кропоткин садился в сани и на неделю уезжал в какое-нибудь степное или горное захолустье. Возвращаясь в Читу, он опять с жаром брался за свое главное дело. Но его проекты, как и доклады о преступлениях местных властей, отсылались в Иркутск, оттуда — в столицу и там погребались в мерзлотных недрах канцелярий. Реформы начинали леденеть. Леденели они в правительственных верхах. Стужа Петербурга доходила и до Сибири. Коченели начатые дела. Пылкого реформатора Кукеля отстранили от должности, обвинив его и в том, что он помог Бакунину бежать через океан и Америку в Европу. Кропоткин уже успел убедиться, что с реформами все кончено. Оставаться в Чите не было никакого смысла. Весной он пошел на сплав муки по Шилке и Амуру в места голодающего казачества. В конце лета ему пришлось добираться с низовий Амура до Иркутска, чтобы доложить генерал-губернатору о гибели сорока груженых барж, разбитых бурей о скалы. Генерал-губернатор его же и послал с этим страшным докладом в Петербург. В конце зимы князь вернулся в Иркутск, и хозяин губернии взял его к себе чиновником особых поручений, затем послал во главе экспедиции в Маньчжурию. За амурской экспедицией последовала сунгарийская. Путешествия так распалили Кропоткина, что он задумал всецело заняться исследованием Сибири и писал брату Александру в Москву бурные письма, нетерпеливо звал его в эти дивные края. И Александр в конце концов загорелся, приехал, поступил на службу в Иркутский казачий полк. Чиновник особых поручений, не слишком обремененный делами в зимнее время, мог жить теперь в одной квартире с самым близким человеком, блистать с ним среди губернской молодежи философскими познаниями, устраивать концерты и спектакли — именно так и зажили братья, но один из них, младший, сманивший сюда старшего, как только учуял первый запах весны, спешно принялся готовиться к новой экспедиции. На сей раз он сам выбрал маршрут. Сопровождаемый одним верховым казаком, он прошел больше тысячи верст по скалистым горам Восточного Саяна. У подножий гольцов он пытливо всматривался в плиты и валуны, изборожденные движением льда. И вот отсюда, с высот Саяна, он впервые явственно увидел обширные древние ледники, тайну которых ему предстояло открыть.