В 108 г. до н. э. Иоанн Гиркан осадил Самарию, стоявшую в семи милях северо-западнее горы Герицим. Город был в основном греческий, и самаритяне позвали на помощь Антиоха IX, слабого селевкидского правителя, который мало чем мог помочь. Самария сдалась в 107 г. до н. э. К тому времени, когда умер Иоанн Гиркан — а это случилось в 104 г. до н. э. после почти в одинаковой степени успешных тридцати четырех лет правления, — Маккавейское царство, хотя и по- прежнему небольшое, стало самой мощной военной державой на востоке.
Существовали, однако, внутренние проблемы. Иудаизм никогда не был монолитной религией, и теперь возникли враждующие секты. Главное расхождение следует искать в отношениях между священниками и мирянами. Священники управляли храмом и официальным богослужением и называли себя «задоким» (последователи Задока, первого первосвященника). Греки называли их саддукеями, и от них это название перешло в английский язык.
В своих взглядах на иудаизм саддукеи стремились быть фундаменталистами и признавали только Закон Моисея (первые пять книг Библии). Они отвергали все дополнения, пришедшие из верований персов и греков. Так, саддукеи не верили в ангелов, в бессмертие души, в Судный день, и воскресение и даже в Мессию. Кроме того, они придерживались древних традиционных обрядов жертвоприношения и отвергали любые реформы.
При Иоанне Гиркане саддукеи сумели наложить запрет на участие несвященников в синедрионе, законодательном совете, который заседал в Иерусалиме и выносил решения по религиозным вопросам. Обиженные этим миряне называли себя «прушим» («отделенными», по-видимому, от синедриона и религиозного влияния). До нас дошло греческое название этой секты — «фарисеи». Фарисеи приняли все яркие дополнения к иудаизму, которые появились со времен изгнания, — ангелы, демоны, жизнь после смерти, Мессия.
У фарисеев была традиция множить детали культового обряда и твердо их придерживаться. Некоторые из них явно гордились своей набожностью, выставляя ее напоказ, и были убеждены, что это «отделяет» их (в этом, возможно, иное объяснение названия секты) от обычных людей.
Подобные взгляды, нехарактерные для секты в целом, были осуждены в Новом Завете, поэтому слово «фарисейство» стало означать «самодовольное ханжество».
Кроме того, существовало несколько малочисленных аскетических сект, из которых нам наиболее известны ессеи. Они жили на берегах Мертвого моря коммунами, в которые не допускались женщины, и вели образ жизни, во многом похожий на образ жизни христианских монахов в более поздние времена.