Сражение при Аустерлице – «битва трех императоров» – стала для генерала П.И. Багратиона строгим экзаменом на полководческую зрелость. Его он выдержал с честью. Последствием этой битвы стал распад Священной Римской империи и образование из ее большей части Австрийского государства, которое перестало быть союзником России.
В ходе Русско-прусско-французской войны 1806–1807 годов генерал П.И. Багратион вновь командовал арьергардом союзной армии, который отличился в крупных сражениях на территории Восточной Пруссии – у Прейсиш-Эйлау и при Фридланде. В первом из них, состоявшемся 7–8 февраля 1807 года, багратионовские полки прикрывали отход русской армии к Прейсиш-Эйлау. Они успешно отражали вражеские атаки и не позволили французам обойти себя с фланга. После кровопролитного сражения, продолжавшегося до полной темноты, армии противников остались на исходных позициях. На следующий день русские беспрепятственно отступили.
В награду за успешное выполнение поставленной задачи генерал-лейтенант Багратион получил почетное золотое Георгиевское оружие – шпагу, украшенную алмазами, с надписью «За сражение при Прейсиш-Эйлау». К тому времени он уже имел за Шенграбен полководческую награду – орден Святого Георгия 2-й степени.
В ходе Русско-шведской войны 1808–1809 годов генерал Багратион сперва командовал пехотной дивизией, а затем армейским корпусом. Суворовский любимец руководил Аландской экспедицией 1809 года, когда русские войска, совершив переход по льду Ботнического залива, заняли Аландские острова и вышли к берегам Швеции. Это обстоятельство незамедлительно принудило Стокгольм поспешно заключить с Россией выгодный для нее мирный договор.
Во время Русско-турецкой войны 1806–1812 годов генерал П.И. Багратион с августа 1808 года по март 1810-го был главнокомандующим русской Молдавской (Дунайской) армией. Он успешно руководил боевыми действиями на правом и левом берегах Дуная, в Северной Болгарии. Его войска овладели турецкими крепостями Мачин, Кюстенджи, Гирсово, разгромили у Рассевата отборный 12-тысячный корпус султанской армии и нанесли ей крупное поражение под Татарицей. Одержанные победы позволяли рассчитывать на успешное проведение новой военной кампании.
Однако перенести боевые действия дальше на болгарской территории главнокомандующему не довелось. В Санкт-Петербурге были недовольны подготовкой его войск (и прежде всего кавалерии, потерявшей много коней по причине недостатка фуража) к зимовке. Из-за вспыльчивого характера Багратиону пришлось расстаться с Молдавской армией и вернуться в Россию.