2-е управление: НКВД СССР: 1-й отдел (контрразведывательное обслуживание авиации), 2-й (контрразведывательное обслуживание мотомеханизированных и технических войск), 3-й (контрразведывательное обслуживание частей и соединений пехоты, кавалерии, артиллерии), 4-й (контрразведывательное обслуживание Военно-морского флота), 5-й (контрразведывательное обслуживание штабных служб, частей связи, ПВО, оборонного строительства, финансового, вещевого и продовольственного снабжения), 6-й оперативный отдел (аресты, обыски, наружное наблюдение и установка);
3-е управление НКВД СССР: 1-й отдел (контрразведывательное обслуживание железнодорожного транспорта), 2-й (контрразведывательное обслуживание водного транспорта, в том числе и Главсевморпути), 3-й (контрразведывательное обслуживание Гражданского воздушного флота, связи, шоссейно-дорожного строительства), 4-й (оперативный отдел).
Данная структура органов госбезопасности просуществовала лишь до 29 сентября 1938 г., когда была проведена очередная реорганизация Наркомата и приказом НКВД СССР № 00641 объявлена новая структура НКВД, причем было восстановлено Главное управление госбезопасности во главе с первым заместителем наркома внутренних дел Л.П. Берия.
Уже 17 ноября 1938 г. СНК СССР и ЦК ВКП(б) приняли постановление «Об арестах, прокурорском надзоре и ведении следствия». В нем была дана политическая оценка деятельности органов НКВД, вскрыты существенные недостатки в агентурно-оперативной и следственной работе и их причины, намечены конкретные меры по улучшению всей деятельности НКВД СССР, Прокуратуры СССР и их органов на местах, по строжайшему соблюдению конституционных норм, социалистической законности, усилению прокурорского надзора. [141]
Новая структура НКВД СССР включала в себя ряд главных управлений и самостоятельных отделов. [142]
Главное управление государственной безопасности НКВД СССР: 1-й отдел (охрана руководителей партии и государства), 2-й (секретно-политический отдел), 3-й (контрразведывательный отдел), 4-й (Особый отдел), 5-й (иностранный отдел), 6-й (контрразведывательная работа в военизированных организациях: милиции, пожарной охране, военкоматах и добровольных спортивных обществах), 7-й (специальный отдел: шифровальная работа).
Главное экономическое управление (ГЭУ) НКВД СССР (образовано из 7-го, 8-го и 9-го отделов 1-го управления НКВД СССР). В состав ГЭУ входили: 1-й отдел (оборонная промышленность), 2-й отдел (тяжелая промышленность и машиностроение), 3-й отдел (легкая, пищевая, лесная и местная промышленность), 4-й отдел (сельское хозяйство и заготовки), 5-й отдел (торговля, кооперация и финансы).