Отрицательно сказалось отсутствие должного взаимодействия между территориальными органами и особыми отделами НКВД. В директиве НКВД СССР № 239 от 13 сентября 1941 г. «Об улучшении взаимодействия в агентурно-оперативной работе особых отделов и местных территориальных органов НКВД» отмечалось, что «некоторые руководящие работники особых отделов, не понимая общности задач органов НКВД в борьбе с контрреволюцией, держатся в стороне от территориальных органов, не увязывают с ними свою работу и не пользуются их помощью там, где она требуется по условиям работы». [245]
В связи с этим особым отделам было предложено устанавливать деловой контакт с территориальными органами НКВД, увязывать с ними отдельные организационные вопросы, регулярно обмениваться информацией, оказывать взаимопомощь в проведении агентурно-оперативных мероприятий. [246]
ВКП(б) и Советское правительство приняли срочные меры по укреплению органов государственной безопасности кадрами, повышению их идейно-политического и профессионального уровня. Расширялась сеть учебных заведений по подготовке и переподготовке чекистских кадров. В марте 1942 г. были организованы Московская и Бакинская межкраевые школы и филиал Высшей школы НКВД СССР. Общая численность слушателей чекистских школ увеличилась с 2000 до 3600 человек [247] . Была перестроена применительно к условиям военного времени работа Высшей школы, организованы курсы подготовки и переподготовки руководящего и оперативного состава и т. д.
В результате этих мер значительно повысились эффективность и качество контрразведывательной работы в тылу страны, усилилось взаимодействие между органами госбезопасности, внутренних дел и военной контрразведки.
В годы войны органы госбезопасности и внутренних дел неоднократно составляли единые планы агентурно-оперативных мероприятий, в которых предусматривали сосредоточение основных сил и средств на выявлении, предупреждении и пресечении шпионской, диверсионной и террористической деятельности разведки фашистской Германии.
НКВД-НКГБ СССР, территориальные и транспортные органы госбезопасности, особые отделы военных округов согласовывали свои действия по борьбе с разведывательно-диверсионными группами, диверсантами и террористами противника.
С первых дней Великой Отечественной войны органы государственной безопасности вели решительную борьбу с парашютными десантами и диверсантами, забрасываемыми фашистским командованием и его разведывательными органами в советский тыл для дезорганизации работы промышленности, транспорта и связи.