Хуже обстояло дело с боеприпасами. В крепости числилось 231 565 снарядов в основном малого калибра. Что же касается орудий крупного калибра (6 дюймов и более), то к ним имелось весьма незначительное количество боеприпасов. Так, на одну 10-дюймовую пушку оставалось по 57 снарядов, к 9-дюймовым пушкам—по 157, к мортирам: 11-дюймовым—14,9-дюймовым— 43 и 6-дюймовым — по 100 бомб. Две трети запасов снарядов израсходовали батареи полевой артиллерии, и на каждое орудие оставалось только по 131 выстрелу. Такое положение с боеприпасами особенно тяжело отражалось на контрбатарейной борьбе: русская артиллерия должна была экономить боеприпасы, и поэтому не всегда удавалось подавить артиллерию противника. Японская же осадная артиллерия, как и полевая, не испытывала недостатка в боеприпасах.
Командование крепости отдало солдатам приказ собирать неразорвавшиеся 11-дм снаряды японских гаубиц. К ним в мастерских порта делали новые медные ведущие пояски, после чего снаряды выстреливали из наших 11-дм мортир обр. 1877 г.
В 8 часов 13 ноября японская артиллерия открыла сосредоточенный огонь по укреплениям северо-восточного фронта.
Под покровом темноты отряд генерала Накамуры (3 тысячи человек), сформированный из добровольцев различных частей, незаметно подошел к Курганной батарее, вооруженной шестнадцатью орудиями. Батарею прикрывал гарнизон, состоявший из пяти рот неполного состава общей численностью около 600 человек. Внезапно отряд был освещен прожектором Кладбищенской батареи и накрыт сосредоточенным огнем орудий форта № IV, Перепелиной, Зубчатой и Кладбищенской батарей.
На второй день после захвата Высокой японцы оборудовали там наблюдательные пункты и стали вести прицельный огонь из 11-дм гаубиц по хорошо наблюдаемым с высоты кораблям эскадры, стоявшим на внутреннем рейде. Положение эскадры стало гибельным. Необходимо было срочно выйти на внешний рейд, занять выгодное положение и дать бой кораблям противника или интернироваться в китайских портах. Однако командовавший в то время отрядом крейсеров контр-адмирал Вирен бездействовал, что и привело к окончательной гибели эскадры.
В октябре—декабре 1904 г. огнем японских осадных батарей было потоплено большинство кораблей 1-й Тихоокеанской эскадры, а остальные самозатопились.
Вечером 19 декабря шесть миноносцев, а также несколько паровых катеров вышли из гавани Порт-Артура. Миноносцы «Властный», «Статный», «Сердитый» и «Скорый» благополучно пришли в китайский порт Чифу, миноносцы «Бойкий» и «Смелый» — в германскую военно-морскую базу Циндао. На миноносцах были вывезены из Порт-Артура знамена русских войск и секретные документы. Ни один из пошедших на прорыв миноносцев и паровых катеров не погиб.