17 февраля 1806 г. Сенявин доносил товарищу морского министра, что необходимых ему мастеровых людей «в здешнем краю приискать невозможно». Большие трудности встречались при заготовке корабельных припасов. Как только Сенявин прибыл, Грейг доложил, что железо, парусина и такелаж покупали ранее в Триесте, Венеции и Неаполе, но война прервала связь с этими городами. Недоставало продовольствия.
Лиснянский, ведавший на эскадре Сенявина хозяйственной частью, также доносил Чичагову, что провианта на Корфу мало, так как из Италии он не может быть доставлен, а из Албании подрядчики доставляли только живых быков, да и то «с великим затруднением, по причине, что Али-паша скрытным образом делал во всем им препятствие». Не хватало лекарств для госпиталя. Не были заготовлены дрова, необходимые для кузнечных работ. Не было свечей. В довершение всего эскадра испытывала острый недостаток в деньгах. Перед отправкой Сенявина из Кронштадта ему был дан аккредитив на венецианский банк. Но когда эскадра прибыла в Средиземное море, Венеция оказалась уже занятой французами, и реализовать так аккредитив было невозможно. Наличных же денег у Сенявина было очень мало.
Сенявин ускоряет восстановление Адмиралтейства. За мастеровыми и материалом он 19 февраля отправляет на Черное море фрегат «Кильдюин» и несколько малых судов. «Кильдюин» вернется лишь в октябре 1806 г.
Сенявин обращается к маркизу де Траверсе с ходатайством о создании на Корфу запаса корабельных материалов на 4 месяца, запаса провианта на 6 месяцев, муки и круп — на год. Но за счет того, что было поставлено из черноморских портов в марте-июле 1806 г., невозможно было удовлетворить даже текущие потребности Средиземноморской эскадры.
В апреле из черноморских портов в Корфу доставили груз продовольствия. Однако при приемке его была обнаружена недостача сотен пудов муки и мяса, а сухари оказались гнилыми, «с паутиной и червями». Отвечая на запрос морского министра, командир Черноморского флота де Траверсе признал, что еще до отправки груза на Средиземное море «в некоторых сухарях начала оказываться паутина и с оною маленькие червячки». Но маркиз все же признал их «добротою годными для пищи» русского солдата и матроса. В доказательство своей правоты де Траверсе сообщил, что сам он роздал уже более 5 тысяч пудов этих гнилых сухарей «в сухопутную дачу» и немало «на суда и морскую дачу». Траверсе беспокоился лишь о том, «дабы служители не имели повода к противоречию», и поэтому приказал перебирать сухари перед выдачей. Но Сенявин не считал возможным кормить своих солдат и матросов гнилью и отправил весь груз сухарей (8061 пуд) обратно.