Главные силы покинули базу 30 мая. Отряд снабжения вышел в море тремя днями позже и занял выжидательную позицию к югу от японских авианосцев. По плану первый налет на острова провели, несмотря на неблагоприятные погодные условия в соответствии с планом — 3 июня. Целью налета стала американская база Датч-Харбор. Для атаки выделили 23 пикирующих бомбардировщика и десять истребителей сопровождения. До базы дошли только одиннадцать бомбардировщиков в сопровождении шести истребителей. В ходе налета японцы уничтожили радиостанцию и подожгли несколько цистерн с горючим. На обратном пути самолеты обнаружили в заливе Макусин пять американских эсминцев. Это известие заставило поднять в воздух второй эшелон самолетов с авианосцев, а также четыре гидросамолета с крейсеров. Но погода окончательно испортилась. Поэтому японцы американских эсминцев не нашли, зато сами были перехвачены истребителями Р-40. В воздушном бою японцы потеряли две машины, еще две получили повреждения, которые смогли лишь дотянуть до авианосца и приводниться рядом. Экипажи обеих машин удалось спасти. Тем временем, разведывательная лодка “Catalina” обнаружила японские авианосцы и успела передать координаты противника, прежде чем была сбита японскими истребителями. На следующий день еще одна американская летающая лодка снова обнаружила авианосцы. По донесению этой лодки с аэродрома Кодиак в воздух поднялись шесть В-17. Только два из них обнаружили японские корабли и провели атаку. Один из четырех потерявшихся бомбардировщиков наткнулся на транспортную группу и попытался сбросить бомбы. Плотный заградительный огонь, поставленный крейсером «Начи», достал американский бомбардировщик. Атака нескольких В-26, вооруженных торпедами, также закончился безрезультатно. В ответ японцы подняли в воздух 11 пикирующих бомбардировщиков и шесть торпедоносцев в сопровождении пятнадцати истребителей. В ходе налета японцам удалось поджечь еще несколько цистерн и повредить транспорт, которому пришлось выброситься на берег. На обратной дороге американские истребители сбили два пикировщика и два истребителя, потеряв два самолета. В 16:00 адмирал Ямамото отозвал японские авианосцы из-под Алеутов и присоединил их к своему флоту, отступающему из-под Мидуэя.
«Хагуро» во время сражения к Яванском море. Перед ним стреляющий залпом «Начи».
Голландский легкий крейсер “Java", потопленный торпедами с крейсера «Начи».
«Начи» вернулся на базу 23 июня. Следующий поход крейсера в арктические воды начался 28 июня. Безрезультатно проплавав в районе Атту, крейсер вернулся в Оминато 7 июля. Пополнив запасы топлива, крейсер вышел в Йокосуку, куда прибыл 14 июля. В тот же день крейсер вошел в состав 21-го дивизиона (легкие крейсера «Тама» и «Кисо») 5-го флота. С 24 по 30 июля крейсер стоял в доке, проходя технический осмотр. 2 августа он покинул базу и через четыре дня прибыл на Парамушир.