Видели ли окружавшие вождя военачальники его недостаточную компетентность в военных делах? Не могли не видеть, но, естественно, не смели говорить об этом вслух. Своими действиями они пытались максимально скорректировать указания Сталина, тактично научить его. Наибольшее влияние на его становление как Верховного Главнокомандующего оказали маршалы Б.М. Шапошников, A.M. Василевский, Г.К. Жуков и генерал армии А.И. Антонов. Рядом с ними, под их благотворным воздействием постигал Верховный тонкости оперативного искусства и стратегии.
В июле 1942 г. с назначением первого заместителя начальника Генштаба генерал-лейтенанта Н.Ф. Ватутина командующим Воронежским фронтом Генеральный штаб лишился постоянного квалифицированного руководства, поскольку его начальник Василевский все время находился в разъездах. Чтобы исправить положение, Александр Михайлович просил Сталина назначить начальником Оперативного управления — заместителем начальника Генерального штаба генерал-лейтенанта А.И. Антонова. Однако Верховный, все еще недооценивая значение и роль «мозга армии», долго не соглашался на это. Обстановку на фронтах в отсутствие Василевского ему докладывал замещавший начальника Генштаба… политработник Ф.Е. Боков, совершенно не подготовленный к такой ответственной миссии.
Даже дав в декабре 1942 г. согласие на назначение Антонова начальником Оперативного управления, Верховный стал доверять ему далеко не сразу. Но мало-помалу вождя подкупили глубокое знание генералом фронтовой обстановки, его ярко выраженные аналитические способности, твердость в отстаивании своего мнения, точность выводов и конкретность предложений. 6 апреля 1943 г. Антонов впервые подписал вместе с Верховным директиву Ставки. Потом до самого конца войны их две подписи чаще других стояли рядом под важнейшими документами. Алексей Иннокентьевич стал и самым частым посетителем кремлевского кабинета вождя, именно его доклады предпочитал теперь заслушивать Сталин.
До прихода Антонова Оперативное управление сильно лихорадило. Это было тем более недопустимым, что оно выступало, по существу, ядром Генерального штаба, его мозговым центром. Алексею Иннокентьевичу удалось утвердить в деятельности аппарата Генштаба как рабочего органа Ставки необходимую четкость и организованность. Он сумел сделать то, что многим представлялось немыслимым: упорядочить деятельность самого Верховного Главнокомандующего. Были установлены точные сроки обработки поступающей с фронта информации, определено время докладов руководителей важнейших структур Генерального штаба и Наркомата обороны, касающихся положения на фронтах, результатов разведки, вопросов тылового обеспечения, формирования резервов и т.п.