Правое (южное) крыло начало отвлекающее маневрирование на поле битвы. Мятежники попались на эту военную хитрость, словно забыв о главных силах египетской армии. Тогда, удостоверившись в том, что его задумка удалась, фараон Тутмос III лично повел в атаку северный «рог» (левое крыло). Хорошо продуманный удар наносился между крепостью и флангом неприятеля.
Мятежники, стоявшие здесь, были смяты сомкнутым строем боевых колесниц, за которыми двигалась в плотных шеренгах пехота – копьеносцы и воины с мечами. Вражеский фланг оказался окруженным. Началось истребление стоявших здесь отрядов царя Кадеша, который в завязавшейся битве быстро потерял нити управления, а его гиксосы словно забыли о своей былой стойкости и храбрости при завоевании Египта.
Наскальная надпись сообщает: «Они (азиаты) бежали сломя голову в страхе в Мегиддо, бросая своих лошадей и свои колесницы из золота и серебра, и жители втаскивали их наверх, таща их (воинов) за их одежду в город (то есть на крепостные стены)».
Сражение при Мегиддо было непродолжительным и закончилось полной победой египтян, сокрушивших мятежные племена. Их преследуемые остатки бежали из долины Мегиддо, рассеявшись в окрестных горах. Царь Кадеш сумел избежать и гибели, и плена, укрывшись в крепости. Уцелевшая часть войска гиксосов в скором времени стала собираться воедино.
После победы в поле египетская армия осадила город-крепость Мегиддо. Взять его было крайне необходимо, поскольку в начавшейся войне он имел стратегическое значение, преграждая удобный путь из Египта в долину реки Оронта. Там стояла крепость Кадеш, главная база мятежных гиксосов.
Время донесло до нас со слов фараона-полководца Тутмоса III рассказ об осаде и падении крепости Мегиддо:
«Они (египтяне) измерили город, окружив его оградой, возведенной из зеленых стволов всех излюбленных ими деревьев…»
Египтяне сняли урожай с полей горожан, и «армия его величества упивалась и ублажалась каждый день маслом, как во время праздника в Египте».
Фараон лично руководил осадными работами. Он находился со своим «штабом» в укреплении, выстроенном к востоку от осажденной крепости. Тутмос III «осматривал все, что было сделано». По всей видимости, египетская стража вела себя самоуверенно и беспечно, что дало возможность царю Кадешу бежать из Мегиддо. После нескольких дней осады его защитники капитулировали на милость победителей.
Фараон Тутмос III, оценивая значение падения Мегиддо в войне против мятежных племен, говорил для истории своего владычества: «Амон (бог египтян) отдал мне все союзные области Джахи, заключенные в одном городе. Я словил в одном городе их, я окружил их толстой стеной».