Однако реализовать план оказалось не так просто. Нежелание создать независимый монастырь проявили дизибоденбергские монахини. Им не хотелось оставлять обжитое, с плодородными полями и виноградниками, к тому же весьма живописное место, чтобы начинать все с нуля. Монастырь богател на глазах, а перспектива на новом месте была неясной. К тому же Куно, аббат, которому подчинялась Хильдегарда, не намеревался отказываться от принадлежавшей Хильдегарде известности, а также связанных с этим пожертвований и подарков от паломников и ищущих совета больных людей. От этих перипетий Хильдегарда снова заболевает.
О причинах и симптомах болезни писали очевидцы: «Ноги полностью отказывались служить ей, она не могла даже самостоятельно перевернуться, лежа на кровати — была неподвижна, как скала. Она страдала от приступов этой болезни всякий раз, когда из страха, присущего женщинам, сомневалась и медлила следовать воле Божьей».
Однако на помощь парализованной провидице пришла светская дама, ее дальняя родственница, влиятельная маркграфиня фон Штаде. Она ходатайствовала перед архиепископом майнцким Генрихом о создании нового монастыря. И преуспела в этом. Отныне Генрих поощряет и поддерживает деятельность по созданию монастыря на холме Рупертсберге. Благодаря финансовой поддержке своих светских покровителей, Хильдегарда покупает земли на Рупертсберге и начинает строительные работы. В 1147–1151 годах происходит поэтапное переселение аббатисы и двадцати монахинь из Дизибоденберга на новое место.
Первые годы пребывания в новом монастыре были полны нужды и лишений. Возникали конфликты и разногласия между монахинями — часть из них получили разрешение отделиться от Хильдегарды. В это время она заканчивает написание первой книги. Одновременно завершается сооружение монастырского храма.
Хильдегарда не падала духом, хотя после переселения монахи Дизибоденберга отказались отдать имущество, принадлежавшее сестрам-сподвижницам Хильдегарды. Затем, когда они пытаются отозвать и Вольмара, советника и секретаря Хильдегарды, она пишет письмо в старый монастырь. В нем указывает: ей было видение, что имущество действительно принадлежит сестрам-бенедектинкам, а дизибоденбергские братья ведут себя как разбойники и будут наказаны Богом.
Вскоре после этого умирает аббат Куно. Последующие переговоры Хильдегарда ведет с его преемником аббатом Хеленгером. Со временем она добивается не только законной передачи имущества, но и полной независимости (конвента) от Дизибоденберга. Она удостаивается и защиты кайзера, а также освобождается от обложения податями.