В эти годы он похоронил свою приёмную бабушку, оставившую ему приличное наследство, и узнал, наконец, кто же его родители. Матерью его оказалась не кто иная, как эта самая «бабушка», а отцом не кто иной, как архиепископ Антоний.
Не всё шло у молодого профессора гладко. Из Комитета по акклиматизации его выжили. Составленный им учебник естествознания для гимназий вызвал отрицательные отзывы специалистов. Большинство коллег считало Богданова не настоящим учёным, а ловким беспринципным карьеристом. Но со временем его энергия, целеустремленность заставили многих признать, что он способен и на большие, полезные для науки и Родины дела.
В 1863 году по инициативе Богданова было основано Общество любителей естествознания при Московском университете. Президентом избрали престарелого Г.Е. Щуровского, но фактическим руководителем стал Богданов. После скорой смерти Щуровского он сменил его во главе «любителей», но через три года передал этот пост своему ученику Д.Н. Анучину. Казалось бы, нужды в новом научном объединении не было. Ведь с 1805 года при университете успешно работало авторитетное Общество испытателей природы. Но постепенно определился совершенно разный профиль этих объединений. Общество испытателей представляло собой замкнутый кружок кастовых специалистов, изредка собиравшихся на закрытые заседания. В Обществе любителей естествознания принимали всех желающих. Заседания были открытыми, получая порой характер лектория, публичных диспутов. В этом сказался дух эпохи, демократического движения шестидесятых годов. В 1864 году в Обществе любителей естествознания появились отделения антропологии и этнографии, отсутствовавшие в Обществе испытателей. Новая организация хотела откликнуться на достижения быстро развивавшейся за рубежом науки, стать пропагандистом её в России.
Помня об успехе Акклиматизационной выставки, Богданов задумал новую выставку – Антропологическую. Для сбора экспонатов понадобилось списаться с целым рядом коллег из разных университетов России и заграницы, провести ряд командировок и экспедиций. Именно тогда Богданов и его помощники приступили к раскопкам подмосковных курганов, чтобы извлечь из них древние вещи и черепа. Материалов собрали много, но выставка, открывшаяся в 1867 году, получила название не Антропологической, а Этнографической, что объяснялось, скорее всего, тактическими соображениями (как бы не напугать начальство, а скорее польстить ему – сколь разнообразно население державы). Экспозицию опять вместил Манеж, и она пользовалась большой популярностью у москвичей. На основе ее возник Этнографический (Дашковский) музей, просуществовавший до 1941 года, когда его слили с Музеем этнографии народов СССР в Ленинграде.