Правление царя Федора с помощью своего шурина Бориса Годунова было вполне мирным, более того, в это время произошли номинальные присоединения к России Грузии (в 1587 г.), Киргизской Орды и Пегой Орды (в 1596 г.), и хотя царь вряд ли знал, где находятся его новые владения, но прибавил к своему титулу: «государь земли Иверской, Грузинских царей и Кабардинской земли, Черкесских и Горских князей». Главным же событием периода правления этого богобоязненного царя было принятие в московской православной церкви патриаршества в 1589 г. В своем управлении государством от имени царя Борис Годунов сталкивался с противостоянием церкви в лице митрополита Дионисия и крутицкого епископа Варлаама, которые поддержали оппозицию этому временщику, желавшую развести царя с его бесплодной женой Ириной Годуновой. Однако любящий свою жену царь Федор воспротивился козням князей Шуйских и Мстиславских.
Этот дворцовый мятеж закончился победой Бориса Годунова, сумевшего добиться отстранения митрополита Дионисия от сана и ссылки его в новгородский Хутынский монастырь, а Варлаама – в новгородский Антониев монастырь. Новым митрополитом в 1586 г. стал архиепископ ростовский, ярославский и белозерский Иов, сторонник Бориса Годунова. Но для того чтобы привлечь на свою сторону все православное духовенство, нужно было более серьезное возвеличивание заслуг московского православия.
Еще в 1586 г. в Москве с миссией получения материальной помощи побывал Антиохийский патриарх Иоаким, который обещал предложить Собору греческой церкви учреждение патриархии в России. А в 1588 г. с той же целью в Москву прибыл константинопольский патриарх Иеремия; с его помощью и было учреждено патриаршество в московской православной церкви. Однако этому предшествовала довольно-таки запутанная история. Иеремия был в течение 10 лет константинопольским патриархом, затем султан Магомет II сослал его на остров Родос, а патриаршество вручил Феолипту. Вот именно этот патриарх и направил своего гонца с просьбой в получении денег от московской православной церкви, а чтобы подсластить это прошение, гонец на словах передал весть о якобы предстоящем соборе, на котором по просьбе константинопольского и антиохийского патриархов и будет рассмотрена возможность учреждения в России отдельного патриаршества. Вскоре подданные Оттоманской империи низложили Феолипта, и на патриарший престол был снова возведен Иеремия, но за это время собор св. Софии был превращен в мечеть.
Вот якобы для сбора денег для строительства нового православного храма в Стамбуле и прибыл в Москву патриарх Иеремия, которого вначале, не зная всех этих событий, даже заподозрили в самозванстве, тем более что он не привез с собой никакого постановления Собора греческих церквей. Патриарх на пути в Москву посетил Польшу, где имел беседу с канцлером Яном Замойским. Суть вопроса была та же: перенесение патриаршего престола из Стамбула в Киев. Все могло решить количество денег, передаваемых патриархату.