Об этой встрече и о предмете разговора узнали в Москве от сопровождавшего патриарха архиепископа Арсения. Все это не добавляло доверия к патриарху Иеремии, и вопрос был поставлен ребром: сначала патриаршество, потом деньги. Иеремия уже был не прочь сменить Стамбул на Москву, но это не входило в планы Бориса Годунова, который в данном случае предлагал установить местоположение патриаршего престола во Владимире-на-Клязьме. Однако на эту почетную ссылку не согласился сам патриарх. Тогда от вкрадчивых уговоров правителя Бориса Годунова перешли к угрозам дьяков Андрея и Василия Щелкаловых, и патриарх со своими спутниками сдались, просто побаиваясь за свою жизнь.
Таким образом, 13 января 1589 г. в Москве было учреждено патриаршество и первым патриархом стал Иов. Ну а греков, конечно, отблагодарили и деньгами, и новой патриаршей митрой, усыпанной драгоценными камнями. По случаю учреждения патриаршества в России был устроен грандиозный праздник, во время которого произошло значимое событие, дававшее представление о далеко идущих планах Бориса Годунова: он вел за повод осла с новопоставленным патриархом во время крестного хода вокруг Кремля, что обычно делали сами государи.
Однако война не минула правления и миролюбивого царя Федора: в 1590–1593 гг. Россия воевала со Швецией за города, которые ранее вынуждена была уступить королю Юхану III. Шведская сторона еще при смене власти в России предлагала подтвердить и продлить Плюское перемирие, но российская сторона, ссылаясь на неправильные методы ведения переговоров и неточности в титуловании шведского и российского государей, отвергла эти предложения. При этом московское правительство соглашалось вернуться к переговорам при условии добровольного возврата Швецией Иван-города, Яма, Копорья и Корелы или на условиях выкупа их за 15 тысяч рублей. В принципе шведов такой подход устраивал, но потребовали денег в 50 раз больше предложенных. В конце концов в декабре 1585 г. заключили перемирие безо всяких уступок на четыре года.
К концу этого срока король Юхан III, ссылаясь на нарушения перемирия российской стороной, стал собирать войско и требовать от московского царя присылки переговорщиков. Царь счел оскорбительными безапелляционные заявления короля, но все же направил делегацию во главе с князем Хворостининым к устью Плюсы, на реку Нарву, продолжив нелицеприятную переписку со своим противником. Царь Федор угрожал королю Юхану III заключить союз с германским императором Рудольфом II, с персидским шахом, а также тем, что литовцы хотят перейти на его сторону. На это шведский король дал ответ, равнозначный объявлению войны: