Однако в целом, как институт, Церковь в тот момент Октябрьской революции не приняла. Мало того, возникновению Гражданской войны в России способствовал и открытый конфликт Православной Церкви с Советской властью. Этот конфликт вплоть до стабилизации государства в середине 20-х годов носил исключительно острый, сложный и тяжелый характер. Он отразил богоборческий (то есть подспудно религиозный) пафос большевизма — и в то же время глубокий, до времени скрытый конфликт между двумя течениями в самом большевизме.
Любое идеократическое государство, возникающее революционным путем, неминуемо вступает в конфликт с Церковью, которая была важнейшей частью старой государственности. Сосуществование на равных двух «носителей истины» — двух структур, претендующих на статус высшего арбитра в вопросах жизнеустройства, невозможно[22].
Мирное разделение «сфер влияния» с Церковью могло быть сделано лишь в стабильный период, гораздо позже.
Советское государство было проникнуто религиозным чувством — в этом была и его сила, и его слабость. Немецкий писатель Генрих Бёлль приводит важную мысль из книги В.Шубарта «Европа и душа Востока» (1938): «Дефицит религиозности даже в религиозных системах — признак современной Европы. Религиозность в материалистической системе — признак советской России». Надо вдуматься в эту мысль, которую в разных формах высказывали многие мыслители Запада, современники русской революции: Запад безрелигиозен, Советская Россия — глубоко религиозна. Н.Бердяев, отрицавший социализм, признавал:
Социалистическое государство не есть секулярное государство, это — сакральное государство. Оно походит на авторитарное теократическое государство. Социализм исповедует мессианскую веру. Хранителем мессианской «идеи» пролетариата является особенная иерархия — коммунистическая партия, крайне централизованная и обладающая диктаторской властью.
Разрушение Храма Христа Спасителя с проектом построить на его месте Дворец Советов проявляет именно религиозный характер конфликта с традиционным устроением нового храма именно на развалинах прежнего (затягивание стройки и «спускание на тормозах» всего ее проекта говорит о восстановлении здравого смысла, изживании религиозного компонента в советской идеологии).
Конфликт с Церковью был обострен из-за того, что общая в первые месяцы после Октября уверенность в недолговечности режима большевиков толкнула Церковь на открытое выступление против Советской власти. 15 декабря 1917 г. Собор принял документ «О правовом положении Православной российской церкви», который явно шел вразрез с принципами Советской власти. Например, Православная церковь объявлялась первенствующей в государстве, главой государства и министром просвещения могли быть только лица православной веры, преподавание Закона Божьего в государственных школах для детей православных родителей признавалось обязательным и т. д. 19 января 1918 г. патриарх Тихон предал Советскую власть анафеме, и большая часть духовенства стала сотрудничать с белыми.