Началом образования опричного войска можно считать тот же 1565 год, когда был сформирован отряд в 1000 человек, отобранных из «опричных» уездов. Каждый опричник приносил клятву на верность царю и обязывался не общаться с земскими. В дальнейшем число «опричников» достигло 6000 человек. В Опричное войско включались также и отряды стрельцов с опричных территорий. С этого времени служилые люди стали делиться на две категории: дети боярские, из земщины, и дети боярские, «дворовые и городовые», то есть получавшие государево жалование непосредственно с «царского двора». Следовательно, Опричным войском надо считать не только Государев полк, но и служилых людей, набранных с опричных территорий и служивших под начальством опричных («дворовых») воевод и голов.
Историки упоминают о существовании группы из 500–800 человек, так называемой «особой опричнины». Эти люди в случае необходимости служили в роли доверенных царских порученцев, осуществлявших охранные, разведывательные, следственные и карательные функции. Остальные 1200 опричников разделены на четыре приказа, а именно: Постельный, ведающий обслуживанием помещений дворца и предметами обихода царской семьи; Бронный – оружейный; Конюшенный, в ведении которого находилось огромное конское хозяйство дворца и царской гвардии; и Сытный – продовольственный.
Летописец, по мнению Фроянова, возлагает вину за беды, обрушившиеся на государство, на саму «Русскую землю, погрязшую в грехах, междоусобной брани и изменах»: «И потом, по грехом Руския всея земли, восташа мятеж велик и ненависть во всех людях, и междоусобная брань и беда велика, и государя на гнев подвигли, и за великую измену царь учиниша опричнину».
Будучи опричным «игуменом», царь исполнял ряд монашеских обязанностей. Так, в полночь все вставали на полунощницу, в четыре утра – к заутрене, в восемь начиналась обедня. Царь показывал пример благочестия: сам звонил к заутрене, пел на клиросе, усердно молился, а во время общей трапезы читал вслух Священное Писание. В целом, богослужение занимало около 9 часов в день.
При этом есть свидетельства, что приказы о казнях и пытках отдавались нередко в церкви. Историк Г. П. Федотов считает, что «не отрицая покаянных настроений царя, нельзя не видеть, что он умел в налаженных бытовых формах совмещать зверство с церковной набожностью, оскверняя самую идею православного царства».
С помощью опричников, которые были освобождены от судебной ответственности, Иоанн IV насильственно конфисковывал боярские и княжеские вотчины, передавая их дворянам-опричникам. Самим боярам и князьям предоставлялись поместья в других областях страны, например, в Поволжье.