Итак, царь отправил руководителей первого послеопричного правительства на эшафот 2 августа 1575 года. Казни послужили толчком к расследованию второго новгородского «изменного» дела. Пущенная в ход машина террора не могла остановиться. Многие члены «двора» подверглись аресту. В числе их оказался личный медик Грозного Елисей Бомелей. «Лютый волхв» Елисей оставил по себе недобрую память в народе. Он оказывал царю услуги самого грязного свойства, приготовляя яды для впавших в немилость придворных, а некоторых из них, например Григория Грязного, отравил собственноручно. Бомелей стал первым царским астрологом. Он знакомил царя с неблагоприятным положением звезд и предсказывал ему всевозможные беды, а затем «открывал» пути спасения. Грозный полностью доверял своему советнику. В конце концов, астролог запутался в сетях собственных интриг и решил бежать из России. Взяв на имя своего слуги подорожную, Бомелей отправился на границу, предварительно зашив в подкладку платья все свое золото. Но в Пскове подозрительного иноземца схватили и в цепях привезли в Москву. Грозный был поражен изменой любимца и велел зажарить его на огромном вертеле. Под пытками Бомелей оговорил новгородского архиепископа Леонида и многих знатных лиц. Вопреки легенде «волхв» и «колдун» подучил царя убить бояр не по злой воле, а по слабости, из-за того, что не смог вынести пытку.
Англичанин Горсей, видевший, как полуживого доктора везли с Пыточного двора в тюрьму, рассказал любопытные подробности о последних днях авантюриста. По его словам, царь поручил допросить Бомелея своему сыну Ивану и приближенным, заподозренным в сговоре с лейб-медиком. С помощью этих придворных Бомелей надеялся выпутаться из беды. Когда же «колдун» увидел, что друзья предали его, он заговорил и показал многое сверх того, о чем желал узнать царь. Среди оклеветанных им людей оказался видный придворный Протасий Юрьев-Захарьин, троюродный брат наследника. Имя его записано в Синодике. Как можно установить, новгородский архиепископ Леонид «преставился» к государевой опале 20 октября 1575 года, а четыре дня спустя палач обезглавил Захарьина-Юрьева. Все это не было случайным совпадением.
Новые кровавые казни в Москве связаны были с новгородским делом, главным героем которого стал владыка Леонид. Архиепископ принадлежал к тому кругу духовенства, который поддерживал тесную дружбу сначала с опричниной, а потом с «двором». Пользуясь полным доверием царя, он занял новгородский престол после опричного разгрома Новгорода. Местную церковь Леонид подчинил целям опричной администрации, которую в то время возглавлял Алексей Старой. Старой подвергся казни накануне суда над Леонидом. По словам современников, участь новгородского архиепископа разделили два других высокопоставленных духовных лица. Их имена записаны в кратком Синодике государевых опальных в одном списке с Леонидом: «архиепископ Леонид, архимандрит Евфимий, архимандрит Иосиф Симоновский». Евфимий возглавлял кремлевский Чудов монастырь. Летописи упоминают о том, что он погиб вместе с Леонидом. Эти лица в самом деле были тесно связаны между собой. В годы опричнины в Чудовом монастыре сидел Левкий, любимец Грозного, навлекший на себя проклятия Курбского. Левкий передал обитель Леониду, а тот сделал своим преемником Евфимия. Весь этот кружок лиц запятнал себя сотрудничеством с опричниной. К нему принадлежал также и архимандрит Симонова монастыря. Названный монастырь удостоился особой чести: он был зачислен в опричнину.