25 февраля 1605 г. ван дер Хаген заключил с амбонцами два договора: один с народом, капитаном (главой общины) и старейшинами Хиту, а второй с регентом (патихом) области Ома — Харуку [96, т. I, с. 32–34].
В обоих договорах амбонцы признавали сюзеренитет Голландии и клялись в верности Генеральным штатам, принцу Нассаускому и вновь назначенному голландскому губернатору Амбона. Все службы и повинности, которые местные жители раньше несли в пользу короля Португалии, они теперь обязывались нести в пользу Голландии. Голландская Ост-Индская компания получала монополию на торговлю с Амбоном. Поскольку на Амбоне жили христиане (католики), мусульмане и анимисты, договор гарантировал свободу всем религиям. Но этот пункт договора соблюдался голландцами только несколько месяцев.
Первым голландским губернатором Амбона был Фредерик Хоутмап, хорошо изучивший индонезийский язык и обычаи этой страны в ачехском плену. К этому времени он перевел на малайский язык основные христианские тексты. Португальских и индонезийских католиков на Амбоне вскоре вынудили принять протестантство. Затем Фредерик Хоутман энергично взялся за крещение мусульман и язычников. Это вызвало напряженность на острове, но голландцы уверенно контролировали Амбон [192, с. 59–60; 280, с. 80].
Подчинив Амбон, голландская эскадра направилась на Молуккские острова. Султан Тернате со своим войском присоединился к голландцам. 2 мая 1605 г. вице-адмирал Корнелис Бастиансзон осадил португальскую крепость на Тидоре. Португальцы упорно защищались и отразили два штурма. При третьем штурме взорвался пороховой погреб, погибли 76 португальцев, а гарнизон лишился боеприпасов. Комендант крепости Педро Альварес дс Абреу начал переговоры о капитуляции. Бастиансзон разрешил португальскому гарнизону свободно отплыть со знаменами и оружием в Манилу. Тернатские воины, сражавшиеся бок о бок с голландцами, собирались разрушить крепость, но Бастиансзон пресек это намерение и поместил в крепость свой гарнизон [132, с. 185; 158, с. 207; 242, с. 51].
В то время как шла борьба за Тидоре, адмирал ван дер Хаген с частью эскадры прибыл на острова Банда. Здесь уже несколько лет существовали две голландские фактории, скупавшие у населения мускатный орех. Двое голландцев, тесно общавшихся с мусульманским населением острова Банда Найра, перешли в ислам. Богобоязненные соотечественники решили их убить. Новообращенные мусульмане укрылись в доме главы мусульманской общины острова. Голландцы ворвались в этот дом и убили «изменников». Это вызвало всеобщее восстание банданцсв. Часть голландцев была убита, остальные бежали на остров Серам, откуда глава голландской фактории Якоб де Биттер послал ван дер Хагену донесение о случившемся [242, с. 51–52].