Ван дер Хаген «замирил» острова Банда, и 13 июля 1605 г. заставил старейшин островов подписать договор с голландской Ост-Индской компанией [96, т. I, с. 36]. Первый пункт договора был посвящен взаимной веротерпимости (впрочем, голландцы вскоре нарушили это обещание). Голландцам предоставлялась монополия на скупку мускатного ореха и мускатного цвета по установленным в договоре низким цепам. Банданцы обещали во всем поддерживать представителя голландской Компании старшего купца Хендрика ван Бсргсля. В этом договоре не было речи о голландском сюзеренитете. Это был только договор о торговле и дружбе. Однако в 1606 г. голландцы объявили ван Бергеля губернатором островов Банда и, таким образом, явочным порядком как бы аннексировали эти острова. Однако до полного покорения банданцев было еще далеко.
После поражения 1605 г. португальцы больше уже не вернулись на острова Пряностей. Они были слишком заняты отражением массированной голландской атаки на Малакку, начавшейся в 1606 г. Однако в марте 1605 г. в Молуккском архипелаге появился большой испанский флот из 32 кораблей, снаряженный в Маниле, под командованием адмирала Педро да Кунья. Испанцы атаковали бывшую португальскую крепость на Тидоре и легко выбили из нее немногочисленный голландский гарнизон. Быстро подчинив Тидоре, испанцы обрушились на Тернате. Солдаты Педро да Куньи огнем и мечом прошли по острову. Большая часть населения и султан Саид-уд-дин эмигрировали, однако испанцам удалось вероломно захватить султана и увезти в Манилу, где его держали до самой смерти, надеясь обратить в католичество. Испанские укрепленные посты были основаны на всех мелких островах Молуккского архипелага. Оставшееся население ушло в горы и вело партизанскую войну [132, с. 185; 158, с. 209; 192, с. 60; 242, с. 55].
Испанское нашествие крайне ослабило некогда могущественный султанат Тернате. Новый султан, ребенок, с частью тернат-ских вельмож скитался по Хальмахере. Его опекун, вице-король Тернате Хидаят, решил обратиться за помощью к голландцам и направил посольство в Бантам к находившемуся там адмиралу Корнелису Мателиффу. 10 мая 1607 г. эскадра Мателиффа из 8 кораблей прибыла на Тернате. Выбить испанцев с Молукк Мателиффу оказалось не под силу, он отвоевал только восточную половину Тернате, где построил крепость, названную им «Форт Оранжи».
Над западной половиной Тернате господствовала испанская крепость Гамламо, голландцы же возвели малые укрепления на мелких островах Молукк. Чтобы закрепить свой половинчатый успех, Мателифф 26 мая 1607 г. подписал договор с султаном Тернате [96, т. I, с. 50–53]. По этому договору султанат Тернате признавал Генеральные штаты Нидерландов своим протектором, а султан отныне оплачивал расходы голландских гарнизонов в своих владениях. Обе стороны клялись не заключать сепаратный мир с Испанией либо ее вассалом Тидоре. Голландская Ост-Индская компания получала монополию на торговлю тернатской гвоздикой. Комендантом голландской крепости на Тернате и по совместительству губернатором Молукк был назначен Геррит Герритсзон. Этим актом было положено начало голландскому владычеству на Молукках [96, т. I, с. 50–53; 263, с. 123; 280, с. 80].