Между тем в Восточной Индонезии продолжалась борьба голландцев с испанцами и с местным населением за полный контроль над островами Пряностей. 11 февраля 1611 г. эскадра Питера Бота прибыла на Амбон. Здесь генерал-губернатор поселил семьи первых голландских колонистов, которые имели право заниматься ремеслом и торговать на ближних островах провиантом и тканями. Торговля пряностями оставалась строгой монополией Компании. Укрепив таким образом свой тыл, Бот с девятью кораблями направился на острова Банда [242, с. 88].
Крепость Нассау на Банда Найре, хотя и выдержала осаду банданцев, находилась в полуразрушенном состоянии. Бот энергично взялся за ремонт крепости. Кроме того, поскольку над фортом Нассау господствовала прибрежная скала, он возвел второй форт на этой скале, назвав его «Бельгика». Он пытался построить крепость и на Лонторе, но упорное сопротивление банданцев срывало все его попытки. После тщетной шестимесячной борьбы с повстанцами Бот вступил с ними в переговоры. Но поскольку в условия мирного договора он включил строительство крепости на Лонторе, переговоры зашли в тупик. Банданцы выдвинули встречное требование — снести обе голландские крепости на острове Банда Найра прежде, чем будет подписан мирный договор. Только 20 августа 1611 г. Боту удалось заключить соглашение с несколькими деревнями на Лонторе. Жители основных селений Лонтора, так же как и население островов Пуло Ай и Пуло Рун, договора не подписали. Замирившиеся деревни предоставили голландцам монополию на скупку мускатного ореха и мускатного цвета, но не навечно, как в прежних договорах банданцев с голландской Компанией, а только на пять лет [158, с. 215].
После этого весьма скромного успеха эскадра Бота наконец отплыла на Молукки, куда прибыла 8 сентября 1611 г. Здесь на островах Макиан и Бачан Боту удалось расширить и укрепить голландские крепости и усилить их гарнизоны. Тогда же голландцы устроили опорный пункт на крупнейшем острове Молукк — Хальмахере, где был заключен договор с несколькими деревнями о совместной борьбе против испанцев и португальцев. В нескольких местах на побережье Хальмахеры были размещены голландские гарнизоны. На острове Тернате была возведена еще одна крепость — под названием «Форт Голландия».
5 января 1613 г. Боту удалось добиться еще одного дипломатического успеха. Был заключен договор о дружбе с раджей острова Бутунг. Голландцам было разрешено построить крепость на Бутунге и вести там беспошлинную торговлю [96, т. I, с. 104–108]. Бутунгские воины в январе 1613 г. приняли участие в голландском рейде против находившихся под португальским контролем восточноиндонезийских островов Солори Тимор. Захватить Тимор голландцам не удалось. Попытка поднять тиморских князей против португальцев не увенчалась успехом. Однако на Солоре голландский командующий Схотте после трехмесячной осады 20 апреля 1613 г. принудил к сдаче португальскую крепость Генрикус. Гарнизон крепости из 30 португальцев и 250 индонезийцев получил разрешение покинуть ее с оружием и знаменами. Схотте даже дал им на дорогу продовольствия. Через два дня после капитуляции с Тимора прибыло подкрепление — 50 португальцев и 450 индонезийцев. Но было уже поздно. Солор остался в руках голландской Ост-Индской компании. Монополия португальцев на торговлю сандаловым деревом Тиморского архипелага с Китаем и Японией была подорвана [158, с. 215–216; 242, с. 89–90].