В феврале 1613 г. Бот нанес давно подготавливавшийся удар против центра испанских владений на Молукках — форта Марико на Тидоре. После недолгого боя испанцы бежали, а тернатские союзники голландцев сожгли крепость. Бот не смог помешать разрушению форта Марико, но тут же начал строить рядом с ним новую, более мощную крепость. Окончательно закрепив к сентябрю 1613 г. свой успех на Молукках, Бот после двух с половиной лет отсутствия вернулся на Яву.
На Яве в это время шла упорная борьба правителя Матарама Агунга с владетелями северояванских прибрежных государств. Когда эскадра Бота 14 сентября 1613 г. прибыла в Гресик, в этом городе только что закончились военные действия, в ходе которых полностью сгорела основанная в 1602 г. голландская фактория. Войска Матарама после захвата Гресика не смогли в нем удержаться и, сильно страдая от эпидемии, опять отступили в глубь острова. Представители Агунга, однако, вступили в контакт с Ботом и дали ему понять, что Агунг готов установить с голландской Компанией взаимовыгодные отношения. Ввиду этого Бот решил перенести факторию из Гресика в Джапару, порт, давно и прочно удерживаемый Матарамом. Здесь можно было приобрести много дешевого риса, необходимого на островах Пряностей. Несколько позже Бот направил к Агунгу посольство во главе с Каспаром ван Цурком, которое прибыло в столицу Матарама в апреле 1614 г. Молодой правитель принял голландцев с большими почестями, разрешил им построить в Джапаре не только факторию, но и небольшое укрепление, дозволил свободный экспорт риса и обещал Компании помощь в ее конфликте с Бантамом [158, с. 216; 242, с. 93–94].
Отношения голландской Компании с Бантамом в это время действительно сильно ухудшились. В огромном международном порту, куда вслед за голландцами проникли английские, французские и датские купцы, где постоянно находились представители почти всех национальностей — от арабов до японцев, конкуренция торговцев постоянно создавала взрывоопасную ситуацию. Так, в 1612 г. сгорела голландская фактория в Бантаме, а виновников поджога обнаружить не удалось [114, с. 149]. Кроме того, голландцы, чувствуя за собой силу наиболее могущественного в Южных морях флота, часто вели себя вызывающе по отношению к местным властям, не гнушались нападением на торговые суда конкурентов в бантамских водах, уклонялись от уплаты торговых пошлин. Регент Бантама пангеран Ранамангала с большим подозрением относился к беспокойным пришельцам и иногда поступал с ними довольно жестко. Чувствуя, что близкий разрыв неминуем, руководство голландской Ост-Индской компании продолжало готовить почву для переноса центра Компании на Востоке в Джакарту.