Не прошло и года, как при загадочных обстоятельствах скончался брат и супруг Клеопатры, Птолемей XIV, совсем немного не доживший до своего шестнадцатилетия. Многие историки, например, Иосиф Флавий, считают, что Птолемей был отравлен сестрой – с тех пор, как у нее появился сын, она не нуждалась в соправителе-супруге. Так это или нет, мы никогда не узнаем; но уже в сентябре 44 года до н. э. Цезарион был провозглашен фараоном под именем Птолемея XV Филопатра Филометра (то есть «Любящего отца» и «Любящего мать») Цезаря. Соправителем и регентом при нем была Клеопатра – так что на самом деле она правила страной единолично.
Несколько лет прошли трудно: неурожаи из-за недостаточного разлива Нила – главного кормильца страны – постоянно грозили обернуться бунтами. Однако Клеопатра сильной рукой правила своей страной, проводя реформы и борясь с чиновничьим произволом, и за несколько лет сумела вернуть Египту процветание и благоденствие. В то же время разгоревшаяся после смерти Цезаря война между его сторонниками-цезарианцами, во главе с Марком Антонием и Октавианом, и убийцами-республиканцами, возглавляемыми Кассием и Брутом, затронула практически все Средиземноморье, и Клеопатре, без сомнения, пришлось приложить немало ума и хитрости, лавируя между двух лагерей. Известно, что египетский наместник на Кипре снабжал Кассия деньгами и флотом – мнения историков расходятся, знала ли об этом Клеопатра: с одной стороны, таким образом она бы помогала убийцам собственного любовника, отца ее сына, за которого она – по слухам – мечтала выйти замуж, с другой стороны, вряд ли кто-нибудь из египетских чиновников осмелился бы на столь серьезный шаг, не заручившись согласием царицы. Некоторые считают, что и корабли, и деньги изначально предназначались цезарианцам, однако были перехвачены их противниками.
Как бы то ни было, в битве при Филиппах в октябре 42 года до н. э. республиканцы были разбиты, и власть получил триумвират – Октавиан, Марк Антоний и Марк Эмилий Лепид, разделившие между собой страну. Антоний, получивший войско и власть над восточной половиной, отправился в Малую Азию, чтобы исполнить мечту Цезаря – покорить Парфию. Во время подготовки к парфянскому походу ему донесли, что Клеопатра, царица Египта, тайно помогала республиканцам: для правительницы, посаженной на трон силой римских легионов – а именно так смотрели на нее из Рима – этот донос мог стать роковым. Антоний, ставший лагерем в Киликии, в городе Тирс, призвал Клеопатру к себе. Он вряд ли хотел справедливости – зато точно намеревался стребовать с Египта огромный штраф, дабы на эти деньги снарядить свое войско.