Год Цезарь провел в битвах, а Клеопатра – в заботах о сыне. Наконец он вызвал ее – вместе с сыном и братом-мужем – в Рим: формально для того, чтобы заключить союз между их странами, а на самом деле, разумеется, для того, чтобы иметь возможность ее видеть. Цезарь выделил ей роскошную виллу на берегу Тибра, где она жила со всей доступной роскошью: рядом с виллой была даже воздвигнута копия храма Изиды. Поначалу Клеопатру принимали в Риме как почетную гостью: при въезде в город ее встречала почетная делегация, и после многие знатные римляне спешили нанести ей визит, с удивлением находя в варварской царице образованность, изящное обхождение, достоинство и немалое женское обаяние. Великий оратор Цицерон писал о ней: «Ее сан, великолепные одеяния и два выдающихся достоинства – прекрасные глаза и великолепный голос – покоряют неосторожных».
Однако самым неосторожным оказался сам Цезарь. Он не только открыто выставил на всеобщее обозрение свою связь с Клеопатрой – при том, что был давно женат на Кальпурнии, достойной женщине из уважаемого древнего рода, с которой продолжал жить под одной крышей. Он даже повелел установить статую Клеопатры в храме Венеры (Венера считалась прародительницей рода Юлиев, к которому принадлежал Цезарь), и статуе воздавались божественные почести – при том, что Цезарь был великим понтификом и в силу своей должности был обязан следить за правильностью соблюдения обрядов. Все это, наряду с вызывающе вольным поведением и чересчур, по пуританским меркам республиканского Рима, роскошным образом жизни египетской царицы, стало вызывать недовольство. По городу поползли слухи, что Цезарь собирается развестись с Кальпурнией, жениться на Клеопатре и сделать ее сына наследником Рима, что для римлян, исторически ненавидевших наследственную царскую власть (титул императора означал лишь воинскую доблесть и вовсе не был ни наследственным, ни даже пожизненным), было недопустимо. Многие историки считают, что эти слухи ускорили решение заговорщиков избавиться от Цезаря – как известно, он был убит в здании Сената 15 марта 44 года до н. э. После смерти Цезаря его деньги, власть и войска получил Марк Антоний – его родственник, воспитанник, соратник и ближайший друг.
В обнародованном завещании Гая Юлия Цезаря не было ни слова о Цезарионе – таким образом, официально он так и не стал сыном Цезаря. Вместо этого Цезарь официально усыновил своего внучатого племянника Гая Октавиана, не побоявшегося принять наследство и вступить в конфликт с Марком Антонием.
Но этого Клеопатра не увидела. Через месяц после гибели Цезаря она покинула Рим.