— О Священном Писании;
— Проповеди о Божественном характере деяний Спасителя нашего Иисуса Христа;
— Сокровищница изречений из священного Любомудрия;
— Размышления о Святых Таинствах;
— Псалтырь пророка Давида;
— Исторические исследования причин церковного раскола;
— Познай самого себя;
— Церковные речи о необходимости Вселенских Соборов (по поводу Вселенских Соборов Святитель говорил, что в старом смысле неразделенной Церкви их больше не будет. Первые семь Соборов символизируют число семь, которое есть число Церкви);
— История Нового Завета.
Характерная черта всех этих работ — многообразие познаний их автора, его высокая эрудиция, прекрасное знание Священного Писания, творений святых Отцов, на которых и зиждется его Православие. Нектарий занимает место среди крупнейших богословов XX века. Ему были хорошо известны основные течения инославных богословских учений, которым он часто противопоставлял православную мысль и православную традицию.
Будучи великолепно образованным, он знал латынь и французский язык. В библиотеке его эгинской келии можно увидеть толстые французские словари и энциклопедии, богословские труды и труды по французской литературе.
В 1899 году престарелый патриарх Софроний скончался. Святитель Нектарий счел, что наступил подходящий момент для реабилитации. Он не желал ни кафедры, ни жалованья, но искал лишь урегулирования вопроса своего епископского положения, ибо до этих пор его официально не признавали в качестве члена греческой иерархии, как это видно из его письма, адресованного Вселенскому Патриарху. В Греции к нему относились как к “транзитному” епископу, временно пребывавшему в Афинах.
А между тем кафедра св. Марка была ему вполне “по плечу”. В какой-то момент весь православный народ Египта обратил свои взоры именно к нему. “Его кандидатура наиболее подходящая, — писала в то время газета “Анаплазис”. — Среди иерархов Восточной Церкви Нектарий наиболее заметный, самый образованный, самый увлеченный и безукоризненный. Это — плодовитый писатель, неутомимый труженик духа. Истина и служение слову — это его пища и отрада. Бескорыстный, добродетельный, спокойный, мягкий, но сильный и непреклонный, целомудренный, благовоспитанный, скромный в одежде, он был выше злословия, выше мелочности, страстей, зависти, он живет в гармонии. Если на Александрийский патриарший престол будет избран кто-либо другой, более достойный, никто не обрадуется этому больше, чем он сам. А если изберут его, скромного человека, у него будет лишь одна цель — при всей смиренности оказаться достойным своей миссии”.