За границей в Нектарии также видели возможного преемника Софрония, но избран на патриарший престол был Фотий. Он занял Александрийскую кафедру 10 октября 1902 г., и Святитель обратился к нему со следующим письмом:
“Ваше Блаженство,
Прилагаю к письму Вашему Блаженству два документа, подписанных покойным Патриархом Софронием, которыми он снял меня с занимаемого места, освободил от исполнения обязанностей, уволил, как простого слугу, выгнал из Египта и сделал все это безо всякой причины, не дав мне возможности защититься...
Такое решение, Ваше Блаженство, противоречит канонам, церковным установлениям, а также является столь же несправедливым, сколь беззаконным... Преисполненные совершеннейшим почтением к его священной персоне, желая действовать в духе мира и убедившись, что наши протесты по поводу этой двойной несправедливости не были услышаны, мы подчинились его воле и уехали из Египта в надежде восстановить справедливость тогда, когда это будет угодно Богу. Я считаю, что этот день наступил с приходом Вашего Блаженства. Поэтому я и обращаюсь к Вашему Блаженству с просьбой рассудить меня по правде, признав меня епископом своего патриаршего престола и сообщив мне письменно о своем справедливом решении...”
Святитель просил лишь об урегулировании вопроса своего канонического положения. Однако новый патриарх предпочел не затевать столь нелестного для Александрии разбирательства и на письмо не ответил. Тогда Нектарий обратился к Константинопольскому патриарху Иоакиму III, прося его выступить в качестве арбитра. С момента отъезда Святителя из Египта прошло уже тринадцать лет.
“С великим почтением, — писал он, — я посылаю Вашему Святейшеству копию моего письма к Патриарху Александрийскому Фотию, а также копии трех документов, подписанных Патриархом Софронием и освобождающих меня от обязанностей, которые я выполнял в Александрийской Патриархии, лишающих меня моего места при Патриархе и увольняющих меня, как прислугу, без суда и права защиты...
В своем письме к Патриарху Фотию я прошу восстановления справедливости и удовлетворения моих законных прав. Однако, несмотря на то, что Его Блаженство получил мое письмо уже одиннадцать месяцев назад, он посчитал нас недостойными ответа. Такая позиция меня удивляет. Наконец я счел разумным прибегнуть к Вашему Святейшеству, испрашивая Вашего мудрого совета по поводу того, как бы мне следовало поступить, ибо нахожусь я в ситуации затерянного человека, не принадлежащего ни к одной из автокефальных Церквей. Даже в Греции после четырнадцати лет чиновничьей службы Святейший Синод рассматривает меня в качестве проезжего епископа и требует, чтобы я подписывал все направляемые ему письма “путешествующий епископ”. Церковная история не знает случая, когда уволенный епископ не принадлежал бы ни к одной из Церквей. Я полагаю, что ни Ваше Святейшество, ни какой-либо ученый знаток церковных канонов и установлений, не может считать это обстоятельством нормальным и одобрять его.”