Несмотря на объявленные ранее запреты, в XVII веке в России начинают строительство новых мечетей. Особенно много мечетей появляется в татарских селах Башкирии. Причиной этому послужило массовое переселение казанских татар в Башкирию со второй половины XVI века после разгрома Казанского ханства.
Первые попытки изучения ислама делались при Петре I. В начале XVIII века впервые осуществляется перевод Корана на русский язык. Покровительствовала исламу императрица Екатерина II, за что среди татарского населения получила почетное наименование «Эби пашта» («Бабушка-царица»). После посещения Казани Екатерина II в 1766 году лично дала разрешение купцам Юнусовым на строительство в городе каменной мечети. В екатерининские времена начинается строительство мечетей и в других российских городах. Строительство мечетей в России продолжалось и при приемниках Екатерины II. Так, при Николае I на государственном уровне был утвержден Образцовый проект строительства мечетей в Нижнем Новгороде, в Казани, в Пермской области (г. Оса). К середине XIX века относится сооружение Белой, Черной и Персидской мечетей в Астрахани. Одним из наиболее значительных памятников мусульманского культового зодчества XIX века являлась мечеть Караван-Сарая в Оренбурге, построенная в 1837–1846 гг. по проекту петербургского архитектора А. Брюллова, в духе романтической трактовки средневековой восточной архитектуры.
После присоединения Крымского ханства численность мусульманских подданных Российской империи в царствование Екатерины II значительность увеличилось. Императрица взяла под защиту их храмы и веру, стараясь интегрировать мусульман в сословную структуру Российской империи путем предоставления татарским мурзам и башкирским старшинам права российского дворянства, а также права владения населенными имениями. Мусульманским купцам, ведущим торговлю с Персией, Туркестаном, Китаем и Индией были предоставлены значительные льготы. Особенно много сделала Екатерина II для утверждения прав мусульманского духовенства.
К 1864 году были ликвидированы последние очаги сопротивления кавказских горцев Северного Кавказа, которые с 20-х годов XIX века вели длительную, упорную исламо-религиозную войну. Горские феодальные правители, чтобы расширить свое влияние над вольными горскими общинами, для закрепления своих прав обращались за поддержкой к правительству России, переходя в Российское подданство. Российская империя, чьи интересы требовали закрепления на Кавказе, стремились таким образом утвердить здесь свое прямое господство. Возглавлявший борьбу горцев за независимость в течении двадцати пяти лет имам Шамиль, создал в восточной части Северного Кавказа исламское государство – Имамат, которое находилось на большей части Дагестана и Чечни. Имам – «повелитель правоверных» являлся светским и духовным главой государства. Его власть основывалась на высшем духовном авторитете, подтвержденном горскими общинами и мюридскими наставниками. Шамиль родился в горном ауле в конце XVIII века в аварской семье, был учеником (мюридом) известных, видных наставников. В исламских науках он проявил большие способности, однако ученым (алимом) не стал, а выбрал путь религиозного вождя. На съезде горцев Шамиль был избран имамом.