Долгая война истощила силы горцев. Ее бесперспективность стали понимать даже некоторые соратники Шамиля, начавшие его покидать. В конце войны против 20 тысяч воинов Имамата действовала 350-тысячная российская армия. Тем не менее лишь в августе 1859 года Шамиль прекратил сопротивление и сдался главнокомандующему российскими войсками на Кавказе. Российское правительство с уважением отнеслось к имаму Шамилю, его стойкости и мужеству. После капитуляции он был доставлен в Санкт-Петербург, где его принял император Александр II. После этого Шамиль со своими женами и слугами в качестве почетного пленника жил в Калуге и Киеве. Умер он во время совершения хаджа в г. Медине в начале февраля 1871 года. Народы Северного Кавказа сохранили глубокое почтение к личности Шамиля и его деятельности. След, оставленный им в кавказской истории, был столь значительным, что идея воссоздания Имамата – независимого от России исламского государства, объединяющего все мусульманские народы Северного Кавказа неоднократно возникала в кризисные периоды российской истории.
После многолетней войны на Кавказе российское правительство отказалось от вмешательства во внутреннюю жизнь горских общин. Были сохранены права мусульманского духовенства, шариатское судопроизводство. В Манифесте об окончании войны говорилось, что русское правительство предоставляет горским народам совершенно свободно навсегда исполнять веру своих отцов – ислам.
Ислам на Северном Кавказе начал распространяться с VIII столетия. Первыми его приняли народы Дагестана, куда он проник в результате арабских завоеваний. В конце VII века арабы захватили Дербент, который стал называться «Баб аль-Джихад» – «Ворота борьбы за веру». Затем арабские войска завоевали внутренние районы Дагестана. К концу VIII века в Дагестане были построены мечети. В XI–XII веках ислам принимают народы юга Дагестана, а к XIV веку ислам распространяется среди наиболее многочисленного дагестанского народа – аварцев. В XVI–XVIII веках возникают очаги мусульманской образованности – медресе, где обучали детей арабской грамоте, при крупных мечетях создаются библиотеки, что способствовало формированию в Дагестане традиций классического исламского образования и появлению влиятельного слоя мусульманского духовенства – эфенди. Среди них выделилась группа алимов (улемов) – мусульманских ученых, знатоков Корана и шарита, владеющих арабским, персидским, турецкими языками. Алимы также считались хранителями традиций и нравственных норм. На основе арабской графики алимы создали систему письма для некоторых языков Дагестана.