Лет с восьми Николай уже жадно читал все, что попадалось под руку. Особенно большое впечатление производили на него рассказы о путешествиях.
После домашнего обучения Николай и Володя в 1849 г. поступили в Смоленскую гимназию, причем сразу во второй класс.
Воспитанное с ранних лет трудолюбие, прекрасные способности и исключительная память выдвинули Н. Пржевальского в число первых учеников. Хотя он среди своих одноклассников был одним из самых младших, но благодаря силе и удали вскоре стал вожаком своего класса.
Жили братья в Смоленске, в маленькой квартирке на Армянской улице (ныне Садовая). За ними присматривали дворовый человек Игнат и кухарка, сестра няни. На каникулы мальчики приезжали в «Отрадное» и обычно поселялись вместе с дядей Павлом Алексеевичем в отдельном флигеле. Во флигеле они, собственно, только ночевали. Дни напролет проводили все вместе в лесу или на рыбалке. В двенадцать лет, когда Николаю подарили отцовское ружье, он убил первую лисицу и, счастливый, преподнес ее матери.
Охотничьи вылазки закаляли здоровье, развивали наблюдательность. Можно сказать, что в смоленских лесах и болотах он постигал те навыки общения с природой, которые пригодились ему во время будущих странствий. Тесное общение с природой оказывало и огромное влияние на формирование душевных качеств. Об этом великолепно сказал крупнейший русский географ, многолетний руководитель Русского географического общества П. П. Семенов-Тян-Шанский:
«Всему высокому, всему прекрасному научился богато одаренный юноша в лоне матери-природы; ее непосредственному влиянию обязан он и нравственною чистотою и детскою простотою своей прекрасной души, и тонкою наблюдательностью своего ума, и своею неутомимою силою и энергиею в борьбе с физическими и духовными препятствиями, и замечательным здоровьем души и тела, и беспредельною своею преданностью науке и отечеству. В течение всей дальнейшей своей жизни Н. М. Пржевальский не разорвал своей связи с своею смоленскою родиною, с тем дорогим ему уголком земли, где прошло его беззаботное детство, где природа в юношеские его годы выработала из него, почти без посторонней помощи, все то, что сделало его одним из самых выдающихся деятелей своего времени и своего Отечества». [3]
Учение в гимназии шло хорошо, хотя Пржевальского чуть было из нее не исключили. Подбор учителей в гимназии был плохим. И вот однажды в шестом классе один из преподавателей особенно досадил ученикам. Тогда они решили уничтожить журнал, в котором ставились отметки. По жребию совершить этот «поджог» выпало на долю Н. Пржевальского. Он стащил журнал и бросил его в Днепр. За это весь класс посадили в карцер, пока не объявится виновный. На четвертый день, чтобы не страдали товарищи, Николай признался в проступке. Решено было исключить его из гимназии. Мать, узнав о случившемся, уговорила гимназическое начальство, чтобы сына не исключали, а хорошенько высекли. И, хотя учеников шестого класса сечь не полагалось, Пржевальского выпороли, но в гимназии оставили.