Бой шел не только во дворце. Одному из подразделений удалось отрезать личный состав танкового батальона от танков, а затем захватить эти танки. Спецгруппа взяла целый зенитный полк и его вооружение. Практически без боя было захвачено здание министерства обороны Афганистана. Лишь начальник генерального штаба Мохаммад Якуб забаррикадировался в одном из кабинетов и начал по рации вызывать подмогу. Но, убедившись, что никто не спешит ему на помощь, сдался. Афганец, сопровождавший советских десантников, тут же зачитал ему смертный приговор и застрелил на месте.
А из тюрьмы тем временем уже тянулись вереницы освобожденных противников режима свергнутого диктатора.
Что происходило в это время с Амином и советскими врачами? Вот что пишет Ю.И. Дроздов в своей документальной книге «Вымысел исключен»:
«Советские врачи попрятались кто куда мог. Сначала думали, что напали моджахеды, затем – сторонники Н.М. Тараки. Только позднее, услышав русский мат, поняли, что действуют советские военнослужащие.
А. Алексеев и В. Кузнеченков, которые должны были идти оказывать помощь дочери X. Амина (у нее был грудной ребенок), после начала штурма нашли «убежище» у стойки бара. Спустя некоторое время они увидели Амина, который шел по коридору, весь в отблесках огня. Был он в белых трусах и в майке, держа в высоко поднятых обвитых трубками руках, словно гранаты, флаконы с физраствором. Можно было только представить, каких это усилий ему стоило и как кололи вдетые в кубитальные вены иглы.
А. Алексеев, выбежав из укрытия, первым делом вытащил иглы, прижав пальцами вены, чтобы не сочилась кровь, а затем довел его до бара. X. Амин прислонился к стене, но тут послышался детский плач – откуда-то из боковой комнаты шел, размазывая кулачками слезы, пятилетний сынишка Амина. Увидев отца, бросился к нему, обхватил за ноги. X. Амин прижал его голову к себе, и они вдвоем присели у стены.
По свидетельству участников штурма, в конференц-зале осколком гранаты был сражен врач полковник Кузнеченков. Однако все время находившийся рядом с ним Алексеев утверждает, что когда они вдвоем прятались в конференц-зале, то какой-то автоматчик, заскочив туда, дал на всякий случай очередь в темноту. Одна из пуль попала в Кузнеченкова. Он вскрикнул и сразу же умер…
Тем временем спецгруппа КГБ прорвалась к помещению, где находился Хафизулла Амин, и в ходе перестрелки он был убит офицером этой группы. Труп Амина завернули в ковер и вынесли.
Количество убитых афганцев так и не было установлено. Их вместе с двумя малолетними сыновьями Амина закопали в братской могиле неподалеку от дворца Тадж-Бек. Завернутый в ковер труп X. Амина той же ночью был погребен там же, но отдельно от других. Никакого надгробия не поставили.