Тем временем в опытных подразделениях фирмы в Бранденбурге продолжалась сборка прототипа. В общем он соответствовал основам проекта E-370/IV, за исключением, что на нем вообще отказались от оборонительного вооружения. Планер был уже почти закончен, однако двигатели задерживались. Они были доставлены на завод только в феврале 1943 года. При этом оказалось, что их запланированная тяга в 850 кг, явно недостаточна, и необходимо что-нибудь придумать, чтобы увеличить тягу во время старта самолета. Было выдвинуто несколько предложений, среди которых и такое курьезное как, буксировка самолета бомбардировщиком Не-111 Н6. В конце концов, было выбрано решение, основанное на подвеске под крыльями стартовых ракетных ускорителей (Rauchgerate или сокращенно R-gerate) Walter HWK 109 500 (Ri 202b). Они давали на протяжении примерно 30 секунд дополнительную тягу в 500 кг. После выгорания топлива ускорители отстреливались, и спускались на землю при помощи парашютов.
Ar-234 V9 (PH+SQ) – первый самолет серии «В», апрель 1944 года.
Передняя часть фюзеляжа Ar-234 V9 (PH+SQ) с бомбами SC-500 на пилонах под двигателями.
При сотрудничестве с тренировочным парашютным подразделением в Виттстоке (Wittstock) была разработана и сама методика старта. Самолет, устанавливался на специальной трехколесной тележке SK. 28 204, которая весила 635 кг, а управление ею во время рулежки осуществлялось тягой двигателей самолета и гидравлическими тормозами из кабины пилота. После отрыва самолета от земли тележка должна была отцепляться. В ее тыльной части находился парашют, на котором она и опускалась обратно на землю. Испытания показали, что такая спасательная система оказалась не эффективной: при падении с малой высоты парашют попросту не успевал открыться. В результате было решено, что в первых полетах Ar-234 VI тележка будет сбрасываться только после достижения самолетом высоты около 100 метров.
В начале 1943 года под крыльями Ar-234 VI наконец были смонтированы двигатели Jumo 004 A-0 и проведена серия их статических испытаний, а также пробные рулежки. Потом прототип был разобран и переправлен в Рехлин, вблизи Мюнстера. Здесь взлетная полоса была длиннее, чем в Бранденбурге, что делало старт более безопасным. 18 июля, по прибытию на место, самолет снова был собран, и уже через неделю проведены рулежки, а также тесты на устойчивость прототипа, установленного на стартовой тележке. Так как массу самолета во время первых стартов ограничили до 5695 кг, не было необходимости в установки под крыльями стартовых ракетных ускорителей. 26 июля в левом двигателе была обнаружена течь масла, и инженеры фирмы «Юнкерс» были вынуждены его тщательно перебрать. Неполадки были устранены, и 30 июля в кабину Ar-234 VI (TG+KB, W. Nr 130001) сел пилот-испытатель фирмы «Арадо» Flugkapitan Гейнц Шелле (Heinz Selle). Он запустил двигатели и в 08 час. 10 мин. стартовал в первый полет, 14 минутами позднее совершив удачную посадку. Единственной проблемой, с которой столкнулись во время этого полета, было разрушение взлетной тележки. Она была сброшена на высоте 600 метров, но стропы ее парашюта зацепились за детали подфюзеляжной посадочной лыжи, что привело к неправильному раскрытию купола, и тележка разбилась при ударе о землю.