В протоколе допроса от 19.10.1936 г., который вел оперуполномоченный СПО старший лейтенант госбезопасности Грозный, Либерберг впервые заявил: «Показания, которые я давал до сих пор следствию — не верны. Я признаю себя виновным в принадлежности к контрреволюционной троцкистско-террористической организации и обещаю следствию в дальнейшем дать подробные показания, как о моей контрреволюционной деятельности, так и деятельности организации».
Теперь на допросах Иосиф начинает оговаривать себя, указывая на свою роль и участие в работе троцкистской организации в связи с ранее приведёнными показаниями коллег. В своих показаниях он называет: кем он был вовлечён в контрреволюционную троцкистско-террористическую организацию; чем он там занимался; какие поручения выполнял, в том числе по организации троцкистской группы в Академии наук; какие имел беседы с лицами, пользовавшимися его доверием; кого обработал и привлёк к контрреволюционной деятельности; рассказывает о своей троцкистской деятельности и называет фамилии людей, которых, с подачи следователей, нужно было считать троцкистами и националистами.
Тем временем в Биробиджане 4–5 ноября проходит Второй съезд Советов ЕАО, на котором принято решение: «Контрреволюционера-троцкиста Либерберга из состава облисполкома исключить». В эти же дни из республик, а также из-за рубежа в адрес съезда поступили поздравительные телеграммы, в том числе из Минска, Киева, Москвы, от американского и канадского Икора из Нью-Йорка и Торонто. В них нет ни слова об аресте и преследовании снятого с должности председателя облисполкома Иосифа Либерберга.
Между тем допросы не прекращаются, всплывают всё новые и новые фамилии так называемых участников троцкистской организации. Проанализировав имеющиеся в деле протоколы допросов, приходишь к выводу, что весь ход этого процесса был нужен, чтобы доказать существование троцкистского центра в Киеве, в котором одна из главных ролей отводилась Институту еврейской пролетарской культуры, руководителем которого был в недалёком прошлом И.И. Либерберг. Арестовав большинство его коллег по работе, следователи отвели Либербергу роль одного из организаторов этого центра, приписав ему все мыслимые и немыслимые рычаги управления деятельностью этой троцкистской организации, нити которой вели в Еврейскую автономную область.
Вполне возможно, что следователи смогли убедить Иосифа Либерберга дать признательные показания на его коллег, пообещав взамен вынесение приговора, не связанного со смертной казнью. Другого выхода из этого положения не было, так как решения по данному делу, в соответствии с Постановлением ЦИК СССР «О порядке ведения дел о подготовке или совершении террористических актов» от 1 декабря 1934 года, принимались в ускоренном порядке. Это означало, что обвинительное заключение вручалось обвиняемым за одни сутки до рассмотрения дела в суде, где оно слушалось без участия сторон; кассационное обжалование приговоров, как и подача ходатайств о помиловании, не допускалось; приговор к высшей мере наказания приводился в исполнение немедленно по его вынесении.