После 17 ноября 1936 года в уголовном деле нет протоколов допросов Либерберга, хотя ещё продолжаются допросы его бывших сподвижников.
Осенью 1936 года жена Либерберга Надежда, взяв ребёнка и личные вещи, тайно выехала из Биробиджана в Киев. Как написала в мемуарах Э. Розенталь-Шнайдерман, «его Нюше не нужно было далеко ходить, чтобы увидеться с ним на двух свиданиях, которые им были разрешены (тогда ещё был возможен такой либерализм), потому что тюрьма была в нескольких десятках шагов от ее квартиры…». Тюрьма оказалась на той же улице, где жили родители Иосифа, где была его квартира, его институт, где жили его близкие друзья и недруги.
Иосиф не верил в фатальный исход своей судьбы, так как просил жену в те две встречи в тюрьме, которые ей разрешили, принести ему учебник испанского языка — хотел ещё выучить испанский язык. Он недоумевал по поводу предъявленных обвинений, в том числе, что он ещё и японский шпион. «Ладно, если бы пытались доказать, что немецкий шпион — я два раза был в командировке в Германии по 4–5 месяцев, а так, что за глупость, в это никто не поверит, и на суде все станет ясно и понятно», — говорил он своей жене при встрече в тюрьме.
Да и с троцкистским центром он также не был связан, так как после 1934 года в Москве был всего один раз. Он верил, что справедливость на суде восторжествует. Но чистка в партии и обществе, развёрнутая Сталиным по всей стране, касалась любого человека, какую бы должность он не занимал. Национальность, возраст, пол, состояние здоровья и даже полное раскаяние не имели никакого значения, приговор — расстрел — был предрешён.
Из протоколов допросов его коллег, арестованных ранее, можно увидеть, какую позицию занимал Либерберг по различным вопросам общественной жизни страны. Понятно, что эти показания тоже могли быть выбиты или были даны под принуждением, но они представляют определённый интерес, так как в них есть его точка зрения, его оценка политической ситуации в стране в те годы. Так, в протоколе допроса Г.Н. Лозовика, профессора истории Киевского госуниверситета, отмечается, что Либерберг, вернувшись из Германии в 1929 году, говорил: «…у нас в партии установилось фактическое единовластие. Демократия совсем изжита. Как хорошо в этом отношении в Германии! Там настоящая свобода слова и мысли. Не боятся говорить и работать. А здесь дрожишь за себя. Ничего, Григорий Натанович, рано или поздно режим внутрипартийной демократии и у нас восторжествует, когда мы сбросим это единовластие…». Он указывал, что руководство не учитывает, насколько гибельна такая система, в особенности для научных работников. На мой вопрос, чем вызвана такая система, Либерберг сказал: «Отсутствие демократии в стране принуждает само руководство к вечной настороженности и боязни за свои посты. Руководство партии пребывает в постоянном напряжении и стремится держать в таком же духе всю партию, чтобы о другом не думали». Отсутствие демократии в стране Либерберг характеризовал как бедственное состояние. Его слова: «Ещё несколько лет, сознание масс вырастет, и они через голову руководства начнут энергично добиваться демократических свобод. Нет сомнения, что они этого добьются».