На поиски следов путешественников в разное время было отправлено более чем 13 экспедиций. Во время проведения этих операций погибло около 100 человек. Но следов экспедиции нигде не было. Впрочем, некоторые вещи, принадлежащие экспедиции Фосетта, были найдены. Так, в 1933 г. неподалеку от поселений бачиари — так называется одно из индейских племен — был обнаружен компас Фосетта. Шестью годами ранее отыскалась табличка, на которой было написано «Фосетт». Одну из экспедиций, которая отправилась на поиски следов Фосетта, захватило племя калапало. Это произошло в 1966 г. Путешественники все же были отпущены на свободу. Но им пришлось отдать свое снаряжение.
Следующие находки касаются человеческих костей. В 1951 г. появилось сообщение Орландо Вильяса Боаса — одного из бразильских исследователей жизни индейских племен, о том, что он нашел человеческие кости, которые принадлежат Фосетту. Однако вождь племени Вайюви утверждал, что это кости совсем другого человека. Он также отрицал причастность своего племени к убийству членов экспедиции Фосетта (были и такие слухи). Единственное, что подтвердил индейский вождь, так это тот факт, что через их земли проходили два молодых человека. Они были больны и хромали. Вполне вероятно, что сын Фосетта и его друг погибли или от болезни, или их растерзали дикие звери.
Свою версию исчезновения экспедиции Фосетта предложил исследователь из Дании Арне Фальк-Рённе. В 60-х гг. XX в он находился на плато Мату-Гросу и беседовал с Боасом. От него Фальк-Рённе узнал, что Фосетта и его спутников убили индейцы калапало. Якобы Боас лично говорил на эту тему с одним из членов племени, который и поведало том, что почти все подарки, которые Фосетт вез индейцам, были случайно потоплены в воде. За это племя решило наказать путешественников, тем более что они уже были тяжело больны. Как будто бы тела сына подполковника и его друга индейцы бросили в реку, а самого Фосетта похоронили как подобает, в могиле. Впоследствии Фальк-Рённе сам побывал в гостях у этого племени и получил подтверждение рассказа Боаса.
В XXI в появилась новая версия относительно исчезновения экспедиции Фосетта. Один из тележурналистов изучил записи Фосетта, сделанные подполковником еще до того, как он отправился в свое последнее путешествие. На этом основании был сделан вывод, что Фосетт не имел намерения возвращаться домой. Он планировал остаться в джунглях с тем, чтобы организовать там свою собственную общину. Кстати, в своей записке группе «Перчатка» Фосетт просил не посылать людей на поиски в случае, если он не вернется. Так что это последнее предположение относительно судьбы Фосетта в джунглях, возможно, не лишено оснований.