Среди собранных им самим коллекций особо выделяется собрание икон и иконописных прорисей, в которое входили как семейные реликвии, так и работы, выполненные по заказу Сергея Григорьевича. Большая заслуга Строганова в том, что он сохранил многочисленные старообрядческие иконы, предназначенные к уничтожению. В доме на Мясницкой он разместил коллекцию икон Строгановской школы XVI–XVII веков, о которой мечтал после первого знакомства с иконами старого письма, вывезенными из фамильных усадеб Сольвычегодской земли. Его предки были склонны к следованию старообрядческим устоям, поэтому «неправильные» иконы не сжигали, а прятали до лучших времен. Строгановы с особым почтением относились к иконописи, даже подумать об уничтожении «Спаса» или «Богородицы» было святотатством.
Раскольники и старообрядцы строго преследовались церковью. Полицейским чинам было дано строгое указание отбирать иконы в скитах и молельнях и доставлять на склады для последующего уничтожения. Однажды граф Строганов узнал, в сарае одного из московских монастырей свален целый обоз старых икон, предназначенный на растопку печей, и самолично отправился к митрополиту Филарету с просьбой, чтобы тот дал согласие отобрать ему из этого склада то, что окажется пригодным для его собрания старинных икон. Митрополит был изрядно удивлен, но отказать именитому графу не смог и соблаговолил уступить просьбе, позволив ему распоряжаться в монастырском сарае, сколько угодно.
В его коллекции были иконы в основном Строгановской школы, написанные еще по заказам его дедов и прадедов, работы Ивана Соболя, Семена Бороздина, Истомы и Никифора Савиных, Прокопия Чирина. Все это собиралось и хранилось с великим почтением.
Но самой большой страстью графа стала археология, которой он отдал всю свою жизнь, будучи не только пожизненным председателем Археологической комиссии, но и человеком, который профинансировал не одну экспедицию за скифским золотом. Ведь интерес к нему был у рода Строгановых можно сказать фамильный, на протяжении нескольких десятков лет Семен, помолившись, перекрестился, поплевал на руки, и звонко крикнув лошаденке «Нн-оо, родимая», взялся за плуг. Весна в этом году была ранняя, земля быстро прогревалась, поэтому мешкать не стоило. Нужно было быстро вспахать свой надел. Зорька словно чувствовала хозяйское желание побыстрее завершить пахоту, поэтому с резвостью взялась за дело. Семен размышлял о том, как бы вспахать этот надел, да поворотить так, чтоб ему еще один надел дали в пользование, уж он тогда-то не засидится. Какая-никакая, а копейка будет, в дому пять детишек – их кормить, одевать надобно. Его участок на берегу Камы был расположен удачно, и не на солнечном бугре, и водой не заливало. Семен еще раз с силой надавил на соху, и вдруг он увидел, что с пластом земли вылез огромный кувшин. Мужик замотал головой: это что за диво! Он бросил соху и лошаденка остановилась. Он осторожно вытащил находку из земли, отряхнул кувшин, на его боках были изображены необычайно красивая женщина и маленькие детишки… Завернув кувшин в рубаху, Семен заспешил к старосте.